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万見
- PDB-1mfn: SOLUTION NMR STRUCTURE OF LINKED CELL ATTACHMENT MODULES OF MOUSE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfn
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF LINKED CELL ATTACHMENT MODULES OF MOUSE FIBRONECTIN CONTAINING THE RGD AND SYNERGY REGIONS, 20 STRUCTURES
要素FIBRONECTIN
キーワードCELL ADHESION PROTEIN / RGD / EXTRACELLULAR MATRIX / HEPARIN-BINDING / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Extracellular matrix organization / Fibronectin matrix formation / Syndecan interactions / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of monocyte activation ...Extracellular matrix organization / Fibronectin matrix formation / Syndecan interactions / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of monocyte activation / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Cell surface interactions at the vascular wall / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / GPER1 signaling / fibrinogen complex / Platelet degranulation / integrin activation / cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / biological process involved in interaction with symbiont / peptidase activator activity / response to muscle activity / endodermal cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / basement membrane / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / wound healing / integrin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of cell shape / heparin binding / : / protease binding / angiogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / receptor ligand activity / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Copie, V. / Tomita, Y. / Akiyama, S.K. / Aota, S. / Yamada, K.M. / Venable, R.M. / Pastor, R.W. / Krueger, S. / Torchia, D.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure and dynamics of linked cell attachment modules of mouse fibronectin containing the RGD and synergy regions: comparison with the human fibronectin crystal structure.
著者: Copie, V. / Tomita, Y. / Akiyama, S.K. / Aota, S. / Yamada, K.M. / Venable, R.M. / Pastor, R.W. / Krueger, S. / Torchia, D.A.
履歴
登録1998年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRONECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7811
ポリマ－19,7811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50SEE REMARK
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FIBRONECTIN


分子量: 19780.934 Da / 分子数: 1
断片: 184 AMINO ACID FRAGMENT, 9TH AND 10TH TYPE-III REPEATS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P11276

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN: CBCA(CO)NH
121CBCANH
131HBHA(CO)NH
141C (CO)NH
151H(CCO)NH
161(H)CCH-TOCSY
171HOHAHA
18115N
19113C-HSQC
11012D
11113D
11214D-NOESY. QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS; HNHA
1131HNHB
1141HAHB
1151CCO-SED
1161CN-SED
1171LRCC
1181LRCH.

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試料調製

試料状態pH: 4.2 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker AMX500BrukerAMX5006002
Bruker AMX600BrukerAMX6006003

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: SEE REMARK / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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