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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1meq | ||||||
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タイトル | HIV gp120 C5 | ||||||
![]() | Exterior Membrane Glycoprotein (GP120) | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV / AIDS / gp120 / gp41 | ||||||
機能・相同性 | ![]() virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / virion component => GO:0044423 / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / virion component => GO:0044423 / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
![]() | Caffrey, M. / Jacobs, A. / Guilhaudis, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution Structure of the HIV gp120 C5 Domain 著者: Guilhaudis, L. / Jacobs, A. / Caffrey, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2667.245 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues (484-506) / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). 参照: UniProt: P19549 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
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試料調製
詳細 | 内容: 1mM HIV gp120 C5 at natural abundance / 溶媒系: 40% TFE, 50 mM phoshpate buffer, 55% H2O, 5% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 70 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 190 distance restraints, 47 dihedral restraints | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |