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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1me3 | ||||||
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タイトル | High Resolution Crystal Structure Analysis Of Cruzain non-covalently Bound To A Hydroxymethyl Ketone Inhibitor (II) | ||||||
要素 | Cruzipain | ||||||
キーワード | HYDROLASE / cysteine protease / non-covalent inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Brinen, L.S. / Huang, L. / Ellman, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Reversible Ketone-based Inhibitors of the Cysteine Protease Cruzain 著者: Huang, L. / Brinen, L.S. / Ellman, J.A. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: A target within the target: probing cruzain's P1' site to define structural determinants for the Chagas' disease protease 著者: Brinen, L.S. / Hansell, E. / Cheng, J. / Roush, W.R. / McKerrow, J.H. / Fletterick, R.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF CRUZAIN: A THERAPEUTIC TARGET FOR CHAGAS' DISEASE 著者: MCGRATH, M.E. / EAKIN, A.E. / ENGEL, J.C. / MCKERROW, J.H. / CRAIK, C.S. / FLETTERICK, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1me3.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1me3.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1me3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1me3_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1me3_full_validation.pdf.gz | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1me3_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1me3_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1me3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1me3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: DH5ALPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P25779, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-P10 / [ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6.8 詳細: 0.6 - 1.0 M Sodium Citrate, pH 6.8, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 42575 / Num. obs: 42575 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique all: 3912 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 43377 / Num. measured all: 252261 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1F2A 解像度: 1.2→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.135 / Rfactor Rwork: 0.0939 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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