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万見
- PDB-1mdy: CRYSTAL STRUCTURE OF MYOD BHLH DOMAIN BOUND TO DNA: PERSPECTIVES ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYOD BHLH DOMAIN BOUND TO DNA: PERSPECTIVES ON DNA RECOGNITION AND IMPLICATIONS FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION
要素
  • (PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)) x 2
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate determination / skeletal muscle fiber adaptation / negative regulation of myoblast proliferation / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / myotube differentiation / bHLH transcription factor binding / Myogenesis / cardiac muscle cell differentiation ...myoblast fate determination / skeletal muscle fiber adaptation / negative regulation of myoblast proliferation / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / myotube differentiation / bHLH transcription factor binding / Myogenesis / cardiac muscle cell differentiation / skeletal muscle tissue regeneration / myoblast fusion / cellular response to oxygen levels / muscle cell differentiation / myoblast differentiation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to glucocorticoid stimulus / muscle organ development / positive regulation of muscle cell differentiation / DNA-binding transcription activator activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / E-box binding / myofibril / skeletal muscle cell differentiation / skeletal muscle tissue development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / skeletal muscle fiber development / striated muscle cell differentiation / cellular response to starvation / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / euchromatin / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myogenic muscle-specific protein, N-terminal / Myogenic determination factor 5 / Myogenic factor / Myogenic Basic domain / Myogenic determination factor 5 / Basic domain in HLH proteins of MYOD family / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain ...Myogenic muscle-specific protein, N-terminal / Myogenic determination factor 5 / Myogenic factor / Myogenic Basic domain / Myogenic determination factor 5 / Basic domain in HLH proteins of MYOD family / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myoblast determination protein 1 / Myoblast determination protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ma, P.C.M. / Rould, M.A. / Weintraub, H. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of MyoD bHLH domain-DNA complex: perspectives on DNA recognition and implications for transcriptional activation.
著者: Ma, P.C. / Rould, M.A. / Weintraub, H. / Pabo, C.O.
履歴
登録1994年6月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
A: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)
B: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)
C: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)
D: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9868
ポリマ－46,9868
非ポリマー00
水45025
1
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
A: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)
B: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8874
ポリマ－23,8874
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')
C: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)
D: PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0984
ポリマ－23,0984
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)222.800, 70.800, 30.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.645814, 0.72052, -0.252539), (0.74446, 0.667667, 0.001127), (0.169423, -0.187277, -0.967586)102.97015, -45.90718, 11.36556
2given(-0.533164, 0.834325, 0.140135), (0.807272, 0.551272, -0.210739), (-0.253077, 0.000768, -0.967446)173.68367, -90.34569, 34.22189
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS FOUR MONOMERS OF MYOD TOGETHER WITH TWO DOUBLE-STRANDED 14 BASE PAIR OLIGONUCLEOTIDES. THERE ARE, THUS, TWO HOMODIMERS OF MYOD BOUND TO TWO DNA SITES IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE DEPOSITORS HAVE INCLUDED RESIDUES 105 - 166 OF ALL FOUR OF THE MYOD MONOMERS IN THEIR MODEL. RESIDUES 1 - 3 AND 102 - 104 ARE ALSO INCLUDED IN ONE OUT OF THE FOUR MONOMERS, WHERE THESE RESIDUES ARE INVOLVED IN CRYSTAL PACKING CONTACTS. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *D* WHEN APPLIED TO CHAIN *C*.

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 4279.804 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)


分子量: 8058.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: MYOD_MOUSE, UniProt: P10085*PLUS
#3: タンパク質 PROTEIN (MYOD BHLH DOMAIN)


分子量: 7269.341 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10085*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DNA SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE OF 14 BASE PAIRS, CONTAINING THE OPTIMIZED DNA BINDING SITE FOR THE ...DNA SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE OF 14 BASE PAIRS, CONTAINING THE OPTIMIZED DNA BINDING SITE FOR THE MYOD HOMODIMER: 5'-(TCAACAGCTGTTGA)-3'.
配列の詳細THE PROTEIN RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE NATIVE SCHEME FOR MOUSE MYOD PROTEIN. THERE ARE ...THE PROTEIN RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE NATIVE SCHEME FOR MOUSE MYOD PROTEIN. THERE ARE FOUR SEPARATE MYOD MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A, B, C, AND D. MONOMER A FORMS A DIMER WITH MONOMER B; MONOMER C FORMS A DIMER WITH MONOMER D. THERE ARE FOUR DNA STRANDS IN THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS E, F, G, AND H. STRAND E FORMS A DOUBLE STRAND WITH F, WHILE G AND H FORM THE OTHER DOUBLE STRAND. MYOD DIMER AB IS BOUND TO DNA DOUBLE STRAND EF. MYOD DIMER CD IS BOUND TO DNA DOUBLE STRAND GH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 %PEG35001drop
2100 mMTris-HCl1drop
3100 mMNa-citrate1drop
420 mM1dropBaCl2

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
TNT精密化
精密化Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.253 / Rfactor obs: 0.253 / 最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 1136 0 25 3247
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 10585 / Num. reflection obs: 8963 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.224 / Rfactor Rfree: 0.33
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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