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- PDB-1mdv: KEY ROLE OF PHENYLALANINE 20 IN CYTOCHROME C3: STRUCTURE, STABILI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdv
タイトルKEY ROLE OF PHENYLALANINE 20 IN CYTOCHROME C3: STRUCTURE, STABILITY AND FUNCTION STUDIES
要素CYTOCHROME C3
キーワードELECTRON TRANSPORT / MUTANT CYTOCHROME C3 / DESULFOVIBRIO VULGARIS HILDENBOROUGH
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dolla, A. / Arnoux, P. / Protasevich, I. / Lobachov, V. / Brugna, M. / Guidici-Orticoni, M.T. / Haser, R. / Czjzek, M. / Makarov, A. / Brushi, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Key role of phenylalanine 20 in cytochrome c3: structure, stability, and function studies.
著者: Dolla, A. / Arnoux, P. / Protasevich, I. / Lobachov, V. / Brugna, M. / Giudici-Orticoni, M.T. / Haser, R. / Czjzek, M. / Makarov, A. / Bruschi, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure Analysis of Cytochrome C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.9 A Resolution
著者: Matias, P.M. / Frazao, C. / Morais, J. / Coll, M. / Carrondo, M.A.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1991
タイトル: Effects of Amino Acid Substitution on Three-Dimensional Structure: An X-Ray Analysis of Cytochrome C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 2 A Resolution
著者: Morimoto, Y. / Tani, T. / Okumura, H. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
履歴
登録1998年9月8日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C3
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,23910
ポリマ－23,3072
非ポリマー4,9328
水1,928107
1
A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1195
ポリマ－11,6531
非ポリマー2,4664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1195
ポリマ－11,6531
非ポリマー2,4664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CYTOCHROME C3
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
B: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,95540
ポリマ－93,2288
非ポリマー19,72832
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area50060 Å2
ΔGint-873 kcal/mol
Surface area43070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.220, 97.220, 36.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.6631, 0.74515, -0.07111), (0.74853, 0.66028, -0.06107), (0.00145, -0.09372, -0.9956)
ベクター: 7.97559, -3.76682, 14.71943)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C3 / TETRA HEME CYTOCHROME / CYTOCHROME C3 (MR 13000)


分子量: 11653.446 Da / 分子数: 2 / 変異: F20L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 細胞内の位置: PERIPLASMIC / 遺伝子: CYC / プラスミド: PJRC800F20L / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CYC / 発現宿主: Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア) / 株 (発現宿主): G200 / 参照: UniProt: P00131
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 mg/mlprotein1drop
240 mMTris-HCl1drop
33.0-3.4 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.07
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→23 Å / Num. obs: 14381 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.53 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 48916 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 93.2 % / Num. unique obs: 946 / Rmerge(I) obs: 0.505

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CTH

1cth
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: THE MUTATION F20L AFFECTS THE N-TERMINAL PART OF THE MOLECULE. OCCUPANCIES WERE ARBITRARILY SET TO 0.3 FOR BADLY DEFINED RESIDUES. SOME MORE RESIDUES ON THE SURFACE WERE ALSO NOT DEFINED IN ...詳細: THE MUTATION F20L AFFECTS THE N-TERMINAL PART OF THE MOLECULE. OCCUPANCIES WERE ARBITRARILY SET TO 0.3 FOR BADLY DEFINED RESIDUES. SOME MORE RESIDUES ON THE SURFACE WERE ALSO NOT DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND THEIR OCCUPANCIES EQUALLY SET TO 0.3.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1367 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 13817 88.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.403 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 344 107 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.28
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.361
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 140
Rwork0.313 1325
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.283
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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