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万見
- PDB-1mc8: Crystal Structure of Flap Endonuclease-1 R42E mutant from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mc8
タイトルCrystal Structure of Flap Endonuclease-1 R42E mutant from Pyrococcus horikoshii
要素Flap Endonuclease-1
キーワードHYDROLASE / flexible loop
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Matsui, E. / Musti, K.V. / Abe, J. / Yamazaki, K. / Matsui, I. / Harata, K.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002
タイトル: Molecular Structure and Novel DNA Binding Sites Located in Loops of Flap Endonuclease-1 from Pyrococcus horikoshii
著者: Matsui, E. / Musti, K.V. / Abe, J. / Yamazaki, K. / Matsui, I. / Harata, K.
履歴
登録2002年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap Endonuclease-1
B: Flap Endonuclease-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9602
ポリマ－77,9602
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.67, 62.67, 180.69
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Flap Endonuclease-1 / 5' nuclease


分子量: 38980.082 Da / 分子数: 2 / 変異: R42E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50123

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG6000, sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 %protein1drop
2200 mM1droppH8.0NaCl
350 mMTris-HCl1droppH6.0
420 %PEG60001reservoirpH6.0
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.7 Å / Num. all: 15903 / Num. obs: 15903 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. measured all: 135478 / Rmerge(I) obs: 0.104
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.494

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A76

1a76


解像度: 3.1→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 1339 random
Rwork0.19 --
obs0.197 13576 -
all-14415 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5274 0 0 0 5274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.93
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 76 -
Rwork0.328 --
obs-596 88.7 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.93
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.458 / Rfactor Rwork: 0.328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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