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万見
- PDB-1mc0: Regulatory Segment of Mouse 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodieste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mc0
タイトルRegulatory Segment of Mouse 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase 2A, Containing the GAF A and GAF B Domains
要素3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
キーワードHYDROLASE / GAF DOMAIN / 3' / 5'-CYCLIC NUCLEOTIDE PHOSPHODIESTERASE / 5'-GUANOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


hippocampal mossy fiber / cGMP effects / GAF domain binding / : / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / : / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / G alpha (s) signalling events / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cardiac septum development ...hippocampal mossy fiber / cGMP effects / GAF domain binding / : / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / : / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / G alpha (s) signalling events / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cardiac septum development / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / coronary vasculature development / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cellular response to cAMP / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / presynaptic membrane / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / membrane raft / axon / dendrite / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAF domain / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...GAF domain / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Martinez, S. / Wu, A. / Glavas, N. / Tang, X. / Turley, S. / Hol, W. / Beavo, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The two GAF domains in phosphodiesterase 2A have distinct roles in dimerization and in cGMP binding.
著者: Martinez, S.E. / Wu, A.Y. / Glavas, N.A. / Tang, X.B. / Turley, S. / Hol, W.G. / Beavo, J.A.
履歴
登録2002年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7692
ポリマ－41,4241
非ポリマー3451
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation14_655-x+3/2,-y+1/2,z1
3
A: 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
ヘテロ分子

A: 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
ヘテロ分子

A: 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
ヘテロ分子

A: 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,0768
ポリマ－165,6964
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x,-y+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation11_656-x+3/2,y,-z+3/21
crystal symmetry operation14_655-x+3/2,-y+1/2,z1
Buried area16900 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area61310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.200, 136.200, 149.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2A


分子量: 41423.910 Da / 分子数: 1 / 断片: Regulatory domain (residues 207-566) / 変異: Y230F, F389L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PDE2A
Plasmid details: pRUNH is a derivative of pMW172. Way, M., Pope, B., Gooch, J., Hawkins, M. & Weeds, A. G. (1990) Embo J 9, 4103-9
プラスミド: pRUNH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q922S4, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.08 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1,4 butanediol, sodium acetate, dithiothreitol, EDTA, Tris, sodium chloride, 3',5' guanosine monophosphate, leupeptin, pepstatin, phenylmethylsulfonyl flouride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 1,4 butanediol, sodium acetate, dithiothreitol, EDTA, Tris, sodium chloride, 3',5' guanosine monophosphate, leupeptin, pepstatin, phenylmethylsulfonyl flouride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12-5 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropNaCl
310 mMTris1droppH7.5
410 mMdithiothreitol1drop
50.1 mMEDTA1drop
60.1 mMPMSF1drop
70.001 mg/mlleupeptin1drop
80.001 mg/mlpepstain A1drop
92 mMNa 3',5'cGMP1drop
1016-26 %1,4butanediol1reservoir
11100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
12140 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→19.97 Å / Num. all: 15282 / Num. obs: 15282 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.058
反射 シェル解像度: 2.86→2.97 Å / Num. unique all: 1380 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.86→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1838569.21 / Data cutoff high rms absF: 1838569.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 756 4.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 15282 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.1207 Å2 / ksol: 0.291099 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.96 Å20 Å20 Å2
2--41.76 Å20 Å2
3----25.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 23 38 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.059 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 61 4.5 %
Rwork0.388 1287 -
obs-1348 85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PCG_PAR.TXTWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMPCG_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.221 / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.459 / Rfactor Rwork: 0.388

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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