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万見
- PDB-1map: CRYSTAL STRUCTURES OF TRUE ENZYMATIC REACTION INTERMEDIATES: ASPA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1map
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF TRUE ENZYMATIC REACTION INTERMEDIATES: ASPARTATE AND GLUTAMATE KETIMINES IN ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
要素ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
キーワードAMINOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / L-aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / 2-oxoglutarate metabolic process ...Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / L-aspartate catabolic process / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / 2-oxoglutarate metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KET / Aspartate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of true enzymatic reaction intermediates: aspartate and glutamate ketimines in aspartate aminotransferase.
著者: Malashkevich, V.N. / Toney, M.D. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: Biological Macromolecules and Assemblies / 年: 1987
タイトル: Structural Basis for Catalysis by Aspartate Aminotransferase
著者: Jansonius, J.N. / Vincent, M.G.
履歴
登録1993年9月10日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3562
ポリマ－44,9921
非ポリマー3631
水5,513306
1
A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7114
ポリマ－89,9852
非ポリマー7262
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area7190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.200, 91.600, 129.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 138 / 2: CIS PROLINE - PRO 195
詳細TWO-FOLD AXIS ALONG B RELATES SUBUNITS A AND B OF THE DIMER AND HENCE COORDINATES FOR SUBUNIT A ONLY ARE GIVEN.

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要素

#1: タンパク質 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE


分子量: 44992.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: HEART / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P00508, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-KET / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYLENE)-AMINO]-SUCCINIC ACID / PYRIDOXYLIDENE-ASPARTIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N2O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RESIDUE KET 412 IS COMPOSED OF ASPARTATE WITH THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE COVALENTLY BOUND ...RESIDUE KET 412 IS COMPOSED OF ASPARTATE WITH THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE COVALENTLY BOUND TO IT (ASPARTATE-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE).
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: AATM_CHICK SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE SER 68 PRO 47

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
119-22 %(w/v)PEG40001reservoir
2maleate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 15053 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 43358 / Rmerge(I) obs: 0.089

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.169 15053
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3161 0 24 306 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 15053 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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