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- PDB-1mal: STRUCTURAL BASIS FOR SUGAR TRANSLOCATION THROUGH MALTOPORIN CHANN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mal
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR SUGAR TRANSLOCATION THROUGH MALTOPORIN CHANNELS AT 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MALTOPORIN
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose transmembrane transporter activity / maltose transmembrane transport / maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / outer membrane protein complex / polysaccharide transport / porin activity / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltodextrin transmembrane transport ...maltose transmembrane transporter activity / maltose transmembrane transport / maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / outer membrane protein complex / polysaccharide transport / porin activity / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltodextrin transmembrane transport / monoatomic ion transport / cell outer membrane / virus receptor activity / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Porin, LamB type / Maltoporin / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Maltoporin; Chain A / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schirmer, T.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Structural basis for sugar translocation through maltoporin channels at 3.1 A resolution.
著者: Schirmer, T. / Keller, T.A. / Wang, Y.F. / Rosenbusch, J.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of Maltoporin from E.Coli
著者: Stauffer, K.A. / Page, M.P.G. / Hardmeyer, A. / Keller, T.A. / Pauptit, R.A.
履歴
登録1994年11月24日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A EIGHTEEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A EIGHTEEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINETEEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THERE IS A BETA-BULGE IN STRAND 6 (RESIDUES 131 - 132) AND IN STRAND 8 (RESIDUES 177 - 178).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALTOPORIN
B: MALTOPORIN
C: MALTOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2773
ポリマ－142,2773
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11140 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area49200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.890, 214.790, 220.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 361
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4824, -0.861598, -0.15782), (0.860309, -0.500011, 0.099693), (-0.164794, -0.087703, 0.982397)39.92, 48.79, 4.15
2given(-0.4824, 0.860309, -0.164794), (-0.861598, -0.500011, -0.087703), (-0.15782, 0.099693, 0.982397)-22.03, 59.16, -2.64

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要素

#1: タンパク質 MALTOPORIN / LAMB


分子量: 47425.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / Organelle: OUTER MEMBRANE / 参照: UniProt: P02943
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.56 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlLamB1drop
23.6 %(w/v)PEG40001drop
30.25 %(w/v)C8-POE1drop
40.25 %(w/v)beta-OG1drop
525.2 %(w/v)PEG40001reservoir
60.7 M1reservoirNaCl
70.14 Msodium phosphate1reservoir
83 mM1reservoirNaN3

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データ収集

検出器日付: 1994年1月7日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→8 Å / Num. obs: 51039 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.1→8 Å / σ(F): 0
詳細: ATOMS THAT ARE NOT DEFINED BY ELECTRON-DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. RESIDUE ASP 78 IS CLOSE TO THE LOCAL THREE-FOLD AXIS; INTERACTIONS WITH ITS LOCAL SYMMETRY MATES ARE ...詳細: ATOMS THAT ARE NOT DEFINED BY ELECTRON-DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.0. RESIDUE ASP 78 IS CLOSE TO THE LOCAL THREE-FOLD AXIS; INTERACTIONS WITH ITS LOCAL SYMMETRY MATES ARE MEDIATED BY AN UNMODELED ATOM OR MOLECULE (PROBABLY A CATION) THAT IS LOCATED ON THE THREE-FOLD AXIS AS JUDGED BY THE APPARENT STRONG ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -10 %
Rwork0.217 --
obs0.217 51039 95.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10050 0 0 0 10050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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