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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mah | ||||||
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タイトル | FASCICULIN2-MOUSE ACETYLCHOLINESTERASE COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (HYDROLASE/TOXIN) / HYDROLASE / SERINE ESTERASE / SYNAPSE / VENOM / TOXIN / COMPLEX (HYDROLASE-TOXIN) COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / toxin activity / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Dendroaspis angusticeps (コブラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Taylor, P. / Marchot, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: Acetylcholinesterase inhibition by fasciculin: crystal structure of the complex. 著者: Bourne, Y. / Taylor, P. / Marchot, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mah.cif.gz | 112.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mah.ent.gz | 92.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mah_validation.pdf.gz | 395.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mah_full_validation.pdf.gz | 414.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mah_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mah_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/1mah | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 106 2: ARG A 107 - PRO A 108 OMEGA = 243.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: LEU A 161 - PRO A 162 OMEGA = 222.75 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: SER A 497 - PRO A 498 OMEGA = 139.38 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO F 31 / 6: CIS PROLINE - PRO F 56 | ||||||||
詳細 | SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: A 4 .. 61 GENERATE A DIMER OF THE MACHE-FAS2 COMPLEX ACROSS A TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS SYMMETRY1 1 -1.000000 0.000000 0.000000 75.46878 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 -0.07648 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 278.07110 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59764.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BLACK6-CBA CROSS F1 / 細胞株: 293 / 遺伝子: MOUSE ACHE / 器官: BRAIN (CDNA) プラスミド: LAMBDA-ZAP AND LAMBDA-FIX CDNA AND GENOMIC DNA 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 遺伝子 (発現宿主): MOUSE ACHE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 6768.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 細胞株: 293 / 器官: BRAIN (CDNA) / 組織: VENOM / 参照: UniProt: P01403, UniProt: P0C1Z0*PLUS |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 % |
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結晶化 | 詳細: DATA SETS FROM FOUR CRYSTALS HAVE BEEN MERGED |
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 60 % |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 0.1 M / 化学式: NaAc |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.0, 1.5 | |||||||||
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月25日 | |||||||||
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→37 Å / Num. obs: 14488 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 62214 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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