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万見
- PDB-1m9o: NMR structure of the first Zinc Binding domain of Nup475/TTP/TIS11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9o
タイトルNMR structure of the first Zinc Binding domain of Nup475/TTP/TIS11
要素Tristetraproline
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Cys3His type zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of keratinocyte apoptotic process / negative regulation of polynucleotide adenylyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of intracellular mRNA localization / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of erythrocyte differentiation / RNA destabilization / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing ...regulation of keratinocyte apoptotic process / negative regulation of polynucleotide adenylyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of intracellular mRNA localization / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of erythrocyte differentiation / RNA destabilization / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of myeloid cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / C-C chemokine binding / negative regulation of viral transcription / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / myeloid cell differentiation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to glucocorticoid stimulus / RNA polymerase binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of interleukin-2 production / response to starvation / p38MAPK cascade / mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / hematopoietic stem cell differentiation / mRNA transport / positive regulation of fat cell differentiation / heat shock protein binding / 14-3-3 protein binding / regulation of mRNA stability / cellular response to epidermal growth factor stimulus / mRNA 3'-UTR binding / P-body / negative regulation of inflammatory response / response to wounding / cytoplasmic stress granule / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCCH-type / RNA-binding protein ZFP36-like / CCCH zinc finger / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA decay activator protein ZFP36
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / CNS, dynamical annealing protocal with molecular dynamic scheme of torsion,torsion,cartesian. Initially only distance restraints from the three Cys to the zinc were restrained. Eventually the His was also restrained, angle restraints added to make the site tetrahedral.
データ登録者Amann, B.T. / Worthington, M.T. / Berg, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: A Cys3His Zinc-Binding Domain from Nup475/Tristetraproline: a Novel Fold with a Disklike Structure
著者: Amann, B.T. / Worthington, M.T. / Berg, J.M.
履歴
登録2002年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tristetraproline
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0382
ポリマ－8,9721
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Tristetraproline / TTP / TIS11A protein / TIS11 / ZFP-36 / Growth factor-inducible nuclear protein NUP475 / TPA ...TTP / TIS11A protein / TIS11 / ZFP-36 / Growth factor-inducible nuclear protein NUP475 / TPA induced sequence 11


分子量: 8972.193 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc binding domain (Residues 91-163) / 変異: Y143K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nup475 / プラスミド: pET28b, pMW55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P22893
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1413D 13C-separated NOESY
1513D 15N-separated NOESY
161HN(CA)CB
17115N-HSQC-TOCSY
18113C-(H)CCH-TOCSY
191HSQCJ WEX

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試料調製

詳細内容: 1.7mM Nup475 with 2.2 Equivalent ZnCl2, 50mM d-Tris pH 5
溶媒系: 90% H20, 10% D20 and 100% D20
試料状態イオン強度: no salt added / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix98Biosym/Molecular Simulation解析
CNS1Brunger構造決定
VNMR6.1bVariancollection
CNS1Brunger精密化
精密化手法: CNS, dynamical annealing protocal with molecular dynamic scheme of torsion,torsion,cartesian. Initially only distance restraints from the three Cys to the zinc were restrained. Eventually the ...手法: CNS, dynamical annealing protocal with molecular dynamic scheme of torsion,torsion,cartesian. Initially only distance restraints from the three Cys to the zinc were restrained. Eventually the His was also restrained, angle restraints added to make the site tetrahedral.
ソフトェア番号: 1
詳細: 442 NOE restraints, 15 Torsional angle restraints. 15 zinc site restraints, 64 Carbon chemical shifts, and 174 proton chemical restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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