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万見
- PDB-1m9b: Crystal structure of the 26 kDa glutathione S-transferase from Sc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9b
タイトルCrystal structure of the 26 kDa glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum complexed with gamma-glutamyl[S-(2-iodobenzyl)cysteinyl]glycine
要素Glutathione S-Transferase 26 kDa
キーワードTRANSFERASE / Glutathione Transferase / antigen / multigene family
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-GLUTAMYL[S-(2-IODOBENZYL)CYSTEINYL]GLYCINE / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cardoso, R.M.F. / Daniels, D.S. / Bruns, C.M. / Tainer, J.A.
引用
ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2003
タイトル: Characterization of the electrophile binding site and substrate binding mode of the 26-kDa glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum
著者: Cardoso, R.M.F. / Daniels, D.S. / Bruns, C.M. / Tainer, J.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structures of a schistosomal drug and vaccine target: glutathione S-transferase from Schistosoma japonica and its complex with the leading antischistosomal drug praziquantel
著者: McTigue, M.A. / Williams, D.R. / Tainer, J.A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of Schistosoma japonicum glutathione S-transferase fused with a six-amino acid conserved neutralizing epitope of gp41 from HIV
著者: Lim, K. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Gilliland, G.L. / Ji, X. / Ruker, F. / Carter, D.C.
履歴
登録2002年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-Transferase 26 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0582
ポリマ－25,5351
非ポリマー5231
水1,22568
1
A: Glutathione S-Transferase 26 kDa
ヘテロ分子

A: Glutathione S-Transferase 26 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1164
ポリマ－51,0692
非ポリマー1,0472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.567, 116.567, 78.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-359-

HOH

詳細There is one GST subunit per asymmetric unit and the second subunit of the GST dimer is generated by the symmetry operation: -x, -x+y, -z

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-Transferase 26 kDa / GST 26 / SJ26 antigen


分子量: 25534.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
プラスミド: pGEX-3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08515, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-IBG / GAMMA-GLUTAMYL[S-(2-IODOBENZYL)CYSTEINYL]GLYCINE


分子量: 523.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22IN3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, ethanol, dithiothrietol, threalose, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
148-50 %satammonium sulfate1reservoir
22 %(v/v)ethanol1reservoir
3225 mMsodium acetate1reservoirpH5.6
410 mMdithiothreitol1reservoir
510 mMthrealose1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1996年7月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→99 Å / Num. all: 9743 / Num. obs: 9743 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 871 / Rsym value: 0.689 / % possible all: 89.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 26 Å / Num. measured all: 56234 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.4 % / Rmerge(I) obs: 0.689

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GTA

1gta


解像度: 2.6→26 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1537461.75 / Data cutoff high rms absF: 1537461.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 937 9.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all-9507 --
obs-9507 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.62 Å2 / ksol: 0.367458 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.57 Å28.1 Å20 Å2
2--5.57 Å20 Å2
3----11.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 28 68 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 107 9 %
Rwork0.303 1088 -
obs-1195 72.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2IBG.PARAMIBG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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