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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m9a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 26 kDa glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum complexed with S-hexylglutathione | ||||||
![]() | Glutathione S-Transferase 26 kDa | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutathione transferase / antigen / multigene family | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cardoso, R.M.F. / Daniels, D.S. / Bruns, C.M. / Tainer, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the electrophile binding site and substrate binding mode of the 26-kDa glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum 著者: Cardoso, R.M.F. / Daniels, D.S. / Bruns, C.M. / Tainer, J.A. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of a schistosomal drug and vaccine target: glutathione S-transferase from Schistosoma japonica and its complex with the leading antischistosomal drug praziquantel 著者: McTigue, M.A. / Williams, D.R. / Tainer, J.A. #2: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of Schistosoma japonicum glutathione S-transferase fused with a six-amino acid conserved neutralizing epitope of gp41 from HIV 著者: Lim, K. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Gilliland, G.L. / Ji, X. / Ruker, F. / Carter, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 684.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 686 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | There is one GST subunit per asymmetric unit and the second subunit of the GST dimer is generated by the symmetry operation: -x, -x+y, -z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25534.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pGEX-3X / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GTX / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate,ethanol, dithiothrietol, threalose, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17330 / Num. obs: 17330 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1137 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 63.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 27.9 Å / Num. measured all: 80211 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.4 % / Rmerge(I) obs: 0.296 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1GTA 解像度: 2.1→33.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 1957943.39 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.88 Å2 / ksol: 0.396569 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 27.9 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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