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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m90 | |||||||||
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タイトル | Co-crystal structure of CCA-Phe-caproic acid-biotin and sparsomycin bound to the 50S ribosomal subunit | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / P-site / sparsomycin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hansen, J.L. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Structural insights into peptide bond formation. 著者: Hansen, J.L. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m90.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m90.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m90_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m90_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1m90_validation.xml.gz | 321.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m90_validation.cif.gz | 508.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AB5
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: CCA-Phe-caproic acid biotin oligomer purchased from Dharmacon |
+RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234
-非ポリマー , 9種, 8095分子
#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | ChemComp-NA / #34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-CL / #36: 化合物 | ChemComp-SPS / | #37: 化合物 | ChemComp-PHA / | #38: 化合物 | ChemComp-ACA / | #39: 化合物 | ChemComp-CD / #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 6000, NaCl, KCl, NH4Cl, MgCl2, ethylene glycol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 442473 / Num. obs: 416857 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 44081 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JJ2 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: Also, for sparsomycin enerated from XPLO2D f
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.5597 Å2 / ksol: 0.325987 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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