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万見
- PDB-1m7w: HNF4a ligand binding domain with bound fatty acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7w
タイトルHNF4a ligand binding domain with bound fatty acid
要素Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of tissue polarity / response to trichostatin A / stearic acid binding / ornithine metabolic process / long-chain fatty acyl-CoA binding / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / regulation of gastrulation / regulation of microvillus assembly / acyl-CoA metabolic process / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein ...establishment of tissue polarity / response to trichostatin A / stearic acid binding / ornithine metabolic process / long-chain fatty acyl-CoA binding / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / regulation of gastrulation / regulation of microvillus assembly / acyl-CoA metabolic process / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / fatty-acyl-CoA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / sex differentiation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / hepatocyte differentiation / cell-cell junction organization / triglyceride homeostasis / arachidonate binding / negative regulation of protein import into nucleus / response to dexamethasone / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of mitotic cell cycle / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to glucose / positive regulation of gluconeogenesis / response to cAMP / regulation of insulin secretion / xenobiotic metabolic process / transcription corepressor binding / response to nutrient levels / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell migration / transcription coregulator binding / fatty acid binding / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / lipid metabolic process / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / blood coagulation / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dhe-Paganon, S. / Duda, K. / Iwamoto, M. / Chi, Y.I. / Shoelson, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the HNF4 alpha ligand binding domain in complex with endogenous fatty acid ligand
著者: Dhe-Paganon, S. / Duda, K. / Iwamoto, M. / Chi, Y.I. / Shoelson, S.E.
履歴
登録2002年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
D: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2838
ポリマ－112,4824
非ポリマー8014
水1,33374
1
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6424
ポリマ－56,2412
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
D: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6424
ポリマ－56,2412
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
3
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
D: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子

A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
D: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,56616
ポリマ－224,9648
非ポリマー1,6038
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area26590 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area73340 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area41020 Å2
手法PISA
5
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子

C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
D: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2838
ポリマ－112,4824
非ポリマー8014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
6
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子

B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2838
ポリマ－112,4824
非ポリマー8014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area41190 Å2
手法PISA
7
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子

C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6424
ポリマ－56,2412
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
8
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6424
ポリマ－56,2412
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.288, 102.288, 227.688
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / HNF-4-alpha / Transcription factor HNF-4 / Transcription factor 14


分子量: 28120.455 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 133-382 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
遺伝子: HNF4a / プラスミド: pet28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22449
#2: 化合物
ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium citrate1reservoirpH8.0
30.7 Mammonium acetate1reservoir
416 %MPD1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器タイプ: BRANDEIS - B1.2 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 29727 / Observed criterion σ(I): 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.282 -
Rwork0.237 -
obs-29727
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7050 0 56 74 7180
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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