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万見
- PDB-1m7s: Crystal Structure Analysis of Catalase CatF of Pseudomonas syringae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7s
タイトルCrystal Structure Analysis of Catalase CatF of Pseudomonas syringae
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA BARREL / ALPHA HELICAL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / periplasmic space / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. ...Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Carpena, X. / Soriano, M. / Klotz, M.G. / Duckworth, H.W. / Donald, L.J. / Melik-Adamyan, W. / Fita, I. / Loewen, P.C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Structure of the Clade 1 catalase, CatF of Pseudomonas syringae, at 1.8 A resolution
著者: Carpena, X. / Soriano, M. / Klotz, M.G. / Duckworth, H.W. / Donald, L.J. / Melik-Adamyan, W. / Fita, I. / Loewen, P.C.
履歴
登録2002年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR, THERE WERE ERRORS IN THE ORIGINAL DNA SEQUENCE. THE SEQUENCE ...SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR, THERE WERE ERRORS IN THE ORIGINAL DNA SEQUENCE. THE SEQUENCE PRESENTED IN THE ENTRY IS CORRECT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,6358
ポリマ－216,1694
非ポリマー2,4664
水38,3542129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46030 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area57850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.630, 153.870, 109.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 54042.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: CATF / プラスミド: pEC3E56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: P46206, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
212 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月21日
放射モノクロメーター: DIAMOND CRYSTALS [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 175279 / Num. obs: 175279 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rsym value: 0.084
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 17810 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
最低解像度: 21.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 % / Num. unique obs: 17810 / Rmerge(I) obs: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→21.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 8773 Random
Rwork0.187 --
all0.183 175279 -
obs0.183 166506 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15260 0 172 2129 17561
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.294 / Num. reflection Rfree: 900 / Rfactor Rwork: 0.234 / Num. reflection Rwork: 16910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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