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万見
- PDB-1m7j: Crystal structure of D-aminoacylase defines a novel subset of ami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7j
タイトルCrystal structure of D-aminoacylase defines a novel subset of amidohydrolases
要素D-aminoacylase
キーワードHYDROLASE / TIN-barrel / metal-dependent amidohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acyl-D-amino-acid deacylase / N-acyl-D-amino-acid deacylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-aminoacylase. Domain 3 / D-aminoacylase, insert domain superfamily / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase ...D-aminoacylase. Domain 3 / D-aminoacylase, insert domain superfamily / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Dna Ligase; domain 1 / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-aminoacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liaw, S.-H. / Chen, S.-J. / Ko, T.-P. / Hsu, C.-S. / Wang, A.H.-J. / Tsai, Y.-C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of D-Aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1. A NOVEL SUBSET OF AMIDOHYDROLASES AND INSIGHTS INTO THE ENZYME MECHANISM.
著者: Liaw, S.-H. / Chen, S.-J. / Ko, T.-P. / Hsu, C.-S. / Chen, C.J. / Wang, A.H. / Tsai, Y.-C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Structural-based mutational analysis of D-aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1.
著者: Hsu, C.-S. / Lai, W.-L. / Chang, W.-W. / Liaw, S.-H. / Tsai, Y.-C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of a D-aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1
著者: Hsu, C.-S. / Chen, S.-J. / Tsai, Y.-C. / Lin, T.-W. / Liaw, S.-H. / Wang, A.H.
履歴
登録2002年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-aminoacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3105
ポリマ－52,0611
非ポリマー2494
水9,062503
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.102, 77.167, 135.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein is monomeric.

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要素

#1: タンパク質 D-aminoacylase / N-acyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量: 52060.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9AGH8, N-acyl-D-amino-acid deacylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, ammonium acetate, PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: Hsu, C.-S., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 1482.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125-30 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
30.2 Mammonium acetate1reservoir
412-20 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B20.9197
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年4月10日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年3月5日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.91971
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 101683 / Num. obs: 100783 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 50.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 17.6 / Num. unique all: 9984 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 150 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 9984

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
WARPモデル構築
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 5056 -random
Rwork0.16 ---
all0.161 101683 --
obs0.161 100057 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.05 Å-0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 10 503 4102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 --
Rwork0.159 --
obs-9984 100 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 150 Å / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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