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- PDB-1m6y: Crystal Structure Analysis of TM0872, a Putative SAM-dependent Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6y
タイトルCrystal Structure Analysis of TM0872, a Putative SAM-dependent Methyltransferase, Complexed with SAH
要素S-adenosyl-methyltransferase mraW
キーワードTRANSFERASE / SAM-dependent Methyltransferase Fold / Protein-Cofactor Product Complex / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytosine1402-N4)-methyltransferase / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative methyltransferase TM0872, insert domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Vaccinia Virus protein VP39 / DNA polymerase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Putative methyltransferase TM0872, insert domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Vaccinia Virus protein VP39 / DNA polymerase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Miller, D.J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Crystal complexes of a predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase reveal a typical AdoMet binding domain and a substrate recognition domain
著者: Miller, D.J. / Ouellette, N. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2002年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年3月30日Group: Derived calculations
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS A TRIMER ACCORDING TO DYNAMIC LIGHT SCATTERING DATA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosyl-methyltransferase mraW
B: S-adenosyl-methyltransferase mraW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7316
ポリマ－70,7702
非ポリマー9614
水6,612367
1
A: S-adenosyl-methyltransferase mraW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8653
ポリマ－35,3851
非ポリマー4802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: S-adenosyl-methyltransferase mraW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8653
ポリマ－35,3851
非ポリマー4802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.400, 133.400, 133.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 S-adenosyl-methyltransferase mraW


分子量: 35384.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0872 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZX6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drop: 50mM Na Cacodylate pH 6.5, 5mM HEPES pH 7.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 9% PEG 8000, 0.25M NaCl, 1mM BME, 0.3mM S-adenosyl-L-homocysteine, 10mg/ml protein. Well: 0.1M Na Cacodylate pH 6.5, ...詳細: Drop: 50mM Na Cacodylate pH 6.5, 5mM HEPES pH 7.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 9% PEG 8000, 0.25M NaCl, 1mM BME, 0.3mM S-adenosyl-L-homocysteine, 10mg/ml protein. Well: 0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 18 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium cacodylate1droppH6.5
25 mMHEPES1droppH7.5
30.1 Mammonium sulfate1drop
49 %PEG80001drop
50.25 M1dropNaCl
61 mMbeta-mercaptoethanol1drop
70.3 mMS-adenosyl-L-homocysteine1drop
810 mg/mlprotein1drop
90.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
100.2 Mammonium sulfate1reservoir
1118 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9787, 0.9785, 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97851
30.95371
反射解像度: 1.9→19.89 Å / Num. all: 62224 / Num. obs: 62185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 6105 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. obs: 62341 / Num. measured all: 854224
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.02位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3472061.43 / Data cutoff high rms absF: 3472061.43 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3057 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all-62264 --
obs-60592 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5995 Å2 / ksol: 0.383992 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.2 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a--0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4613 0 62 367 5042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 267 4.9 %
Rwork0.201 5198 -
obs-5198 89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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