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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m6u | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Novel DNA-binding domain from Ndt80, a Transcriptional Activator Required for Meiosis in Yeast | ||||||
要素 | Ndt80 protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION ACTIVATOR / yeast protein / DNA-binding / meiosis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain from Ndt80, a transcriptional activator required for meiosis in yeast 著者: Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE DISCREPANCIES ARE PRESENT DUE TO ERRORS IN PCR. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m6u.cif.gz | 116 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m6u.ent.gz | 89.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m6u_validation.pdf.gz | 447.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m6u_full_validation.pdf.gz | 466.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m6u_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m6u_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31307.455 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA binding domain, residues 59-330 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Ndt80 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ / 参照: UniProt: P38830 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: lithium sulfate, citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Montano, S.P., (2002) Acta Crystallogr., D58, 2127. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 25573 / Num. obs: 25573 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2128 / % possible all: 84.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.9 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Ndt80, pdb entry 1M7U 解像度: 2.3→19.96 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.96 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.33 Å /
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.226 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.43 / Rfactor Rwork: 0.33 |