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- PDB-1m6u: Crystal Structure of a Novel DNA-binding domain from Ndt80, a Tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6u
タイトルCrystal Structure of a Novel DNA-binding domain from Ndt80, a Transcriptional Activator Required for Meiosis in Yeast
要素Ndt80 protein
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / yeast protein / DNA-binding / meiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation / nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
NDT80 DNA-binding domain / : / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiosis-specific transcription factor NDT80
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain from Ndt80, a transcriptional activator required for meiosis in yeast
著者: Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2002年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE DISCREPANCIES ARE PRESENT DUE TO ERRORS IN PCR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ndt80 protein
B: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9996
ポリマ－62,6152
非ポリマー3844
水1,982110
1
A: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5964
ポリマ－31,3071
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4042
ポリマ－31,3071
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Ndt80 protein
ヘテロ分子

A: Ndt80 protein
ヘテロ分子

B: Ndt80 protein
ヘテロ分子

B: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,99812
ポリマ－125,2304
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1,-z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area48080 Å2
手法PISA
4
A: Ndt80 protein
ヘテロ分子

B: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9996
ポリマ－62,6152
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
5
A: Ndt80 protein
ヘテロ分子

A: Ndt80 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1918
ポリマ－62,6152
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area25460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.275, 64.897, 92.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Ndt80 protein


分子量: 31307.455 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA binding domain, residues 59-330 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Ndt80 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ / 参照: UniProt: P38830
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: lithium sulfate, citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Montano, S.P., (2002) Acta Crystallogr., D58, 2127.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.9 mMprotein1drop
21.85-1.9 Mlithium sulfate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 25573 / Num. obs: 25573 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2128 / % possible all: 84.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.9 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ndt80, pdb entry 1M7U

1m7u


解像度: 2.3→19.96 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1239 -RANDOM
Rwork0.226 ---
all-25573 --
obs-24433 95.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4057 0 20 110 4187
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.43 48
Rwork0.33 -
obs-769
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.37
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.43 / Rfactor Rwork: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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