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万見
- PDB-1m5z: The PDZ7 of Glutamate Receptor Interacting Protein Binds to its T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5z
タイトルThe PDZ7 of Glutamate Receptor Interacting Protein Binds to its Target via a Novel Hydrophobic Surface Area
要素AMPA receptor interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / six beta-strands and two alpha-helices
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic scaling / exocyst / dendrite arborization / positive regulation of neuron projection arborization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / vesicle-mediated transport in synapse / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / proximal dendrite / positive regulation of dendrite morphogenesis / spine synapse ...regulation of synaptic scaling / exocyst / dendrite arborization / positive regulation of neuron projection arborization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / vesicle-mediated transport in synapse / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / proximal dendrite / positive regulation of dendrite morphogenesis / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / presynaptic active zone / synaptic cleft / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ionotropic glutamate receptor binding / dendritic shaft / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / synaptic membrane / cerebral cortex development / GABA-ergic synapse / recycling endosome / terminal bouton / intracellular protein localization / nervous system development / presynapse / presynaptic membrane / GTPase binding / dendritic spine / perikaryon / microtubule / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamate receptor-interacting protein 1/2 / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...Glutamate receptor-interacting protein 1/2 / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Feng, W. / Fan, J. / Jiang, M. / Shi, Y. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The PDZ7 of Glutamate Receptor Interacting Protein Binds to its Target via a Novel Hydrophobic Surface Area
著者: Feng, W. / Fan, J.-S. / Jiang, M. / Shi, Y.-W. / Zhang, M.
履歴
登録2002年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPA receptor interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9791
ポリマ－9,9791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11closest to the average

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要素

#1: タンパク質 AMPA receptor interacting protein / GRIP


分子量: 9979.455 Da / 分子数: 1
断片: The Seventh PDZ Domain of Glutamate Receptor Interacting Protein
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97879

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2213D 15N-separated NOESY
3313D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM unlabelled PDZ7 in 99.9% D2O99.9% D2O
21.0 mM 15N-labelled protein in 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM 15N/13C-labelled samples in 99.9% D2O99.9% D2O
41.0 mM 15N/13C-labelled samples in 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1826 restraints, 1644 are NOE-derived distance constraints, 126 dihedral angle restraints, 56 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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