ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | EPMR | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: poly ananine I-CreI/DNA complex 解像度: 2.25→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 881264.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.255 | 956 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.219 | - | - | - |
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obs | - | 19849 | 97.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7588 Å2 / ksol: 0.352117 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 7.08 Å2 | -6.22 Å2 | 4.61 Å2 |
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2- | - | 4.05 Å2 | 9.45 Å2 |
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3- | - | - | -11.12 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.35 Å / Luzzati sigma a free: 0.36 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.96 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2612 | 978 | 3 | 229 | 3822 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.49 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.35 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.9 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.9 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.302 | 184 | 5.6 % |
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Rwork | 0.266 | 3112 | - |
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obs | - | - | 96.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | WATER_REP.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.218 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.22 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.17 | | | | | |
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