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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m5a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 2-Co(2+)-Insulin at 1.2A Resolution | ||||||
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![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / alpha helices / beta sheets / 3(10) helices / disulphide bridges / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein secretion / insulin-like growth factor receptor binding / insulin receptor binding / hormone activity / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / positive regulation of cell migration / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nicholson, J.M. / Perkins, L.C. / Korber, F.C. | ||||||
![]() | ![]() 年: 2006 タイトル: The high-resolution structure of hexameric T6 cobalt insulin: A possible pathway for the T to R transition. 著者: Nicholson, J.M. / Perkins, L.C. / Korber, F.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4insS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: z, x, y and y, z, x. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.51 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: slow cooling / pH: 6.3 詳細: cobalt acetate, trisodium citrate, acetone, hydrochloric acid, pH 6.3, SLOW COOLING, temperature 300K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 25860 / Num. obs: 25345 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.075 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4INS 解像度: 1.2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.029 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
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拘束条件 |
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