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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m4h | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Beta-secretase complexed with Inhibitor OM00-3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MEMAPSIN2 / BASE / ASP2 / ALZHEIMER'S DISEASE / ASPARTIC PROTEASE / ACID PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hong, L. / Turner, R.T. / Koelsch, G. / Ghosh, A.K. / Tang, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of Memapsin 2 (beta-Secretase) in Complex with Inhibitor OM00-3 著者: Hong, L. / Turner, R.T. / Koelsch, G. / Shin, D. / Ghosh, A.K. / Tang, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m4h.cif.gz | 175.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m4h.ent.gz | 138.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fknS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43627.191 Da / 分子数: 2 / 断片: Protease Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P56817, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ #2: タンパク質・ペプチド | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22.5% PEG 8000, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.2 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: multilayer reflector / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 59470 / Num. obs: 58812 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 58864 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 190727 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 97.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1FKN 解像度: 2.1→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
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拘束条件 | *PLUS
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