PDB-1m3u: Crystal Structure of Ketopantoate Hydroxymethyltransferase comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m3u

タイトル

Crystal Structure of Ketopantoate Hydroxymethyltransferase complexed the Product Ketopantoate

要素

3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-alpha-barrel / TIM-barrel / ketopantoate / selenomethionine MAD / decamer

機能・相同性

機能・相同性情報

3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase activity / pantothenate biosynthetic process / magnesium ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

von Delft, F. / Inoue, T. / Saldanha, S.A. / Ottenhof, H.H. / Dhanaraj, V. / Witty, M. / Abell, C. / Smith, A.G. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure of E. coli Ketopantoate Hydroxymethyl Transferase Complexed with Ketopantoate and Mg(2+), Solved by Locating 160 Selenomethionine Sites.
著者: von Delft, F. / Inoue, T. / Saldanha, S.A. / Ottenhof, H.H. / Schmitzberger, F. / Birch, L.M. / Dhanaraj, V. / Witty, M. / Smith, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C.

履歴

登録	2002年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 400

COMPOUND TIM-BARREL FOLD WITH 7TH HELIX MISSING; DECAMER WITH 522 POINT SYMMETRY.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m3u.cif.gz	556.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m3u.ent.gz	454.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1o68-2 3vav-d 1wx0-d 3ez4-d 1flo-d 1gla-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

B: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

C: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

D: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

E: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

F: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

G: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

H: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

I: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

J: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

284 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.074, 157.170, 100.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 264 / Label seq-ID: 3 - 264

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

詳細

Biological Decamer is Complete in Asymmetric Unit

#1: タンパク質	3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / Ketopantoate hydroxymethyltransferase 分子量: 28264.377 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PANB / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Hfr3000 YA139 参照: UniProt: P31057, 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-KPL / KETOPANTOATE / 2-DEHYDROPANTOATE / ケトパントイン酸分子量: 146.141 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.24 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: PEG 8000, sodium chloride, sodium acetate, sodium citrate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	9-11 %(v/v)	PEG8000	1	reservoir
2	100-200 mM		1	reservoir	NaCl
3	50-100 mM	sodium acetate	1	reservoir
4	50 mM	sodium citrate	1	reservoir		pH6.8
5	24-32 mg/ml	protein	1	drop
6	40 mM	keto-pantoate	1	drop
7	50 mM	HEPES	1	drop		pH7.4

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927, 0.9393, 0.979

検出器

タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月26日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 220 Double Crystal Si 111 Double Crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97927	1
2	0.9393	1
3	0.979	1

反射

解像度: 1.8→75 Å / Num. all: 229086 / Num. obs: 229086 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 26449 / R_sym value: 0.527 / % possible all: 75

反射

*PLUS

% possible obs: 94 % / R_merge(I) obs: 0.093

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 75 % / R_merge(I) obs: 0.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SnB		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: Initial C-alpha trace obtained from 3.0 A selenomethionine MAD-phased maps of a different crystal form: P21, cell=(87.8,155.4,209.9,90,99.3,90)

解像度: 1.8→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.974 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Separate TLS groups for each subunit. Individual isotropic temperature factors for all atoms. Overall anisotropic scaling.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / σ(I): -1 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. XFIT, SHELXL, O, CNS WERE ALSO USED IN REFINEMENT. Continuous, non-protein density not in the active site has been modelled as water chains, ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19258	4812	2.1 %	random
R_work	0.15193	-	-	-
all	0.15844	224262	-	-
obs	0.15276	224262	94.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.115 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19602	0	110	2776	22488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	20424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.969	27779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	44006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.983	5	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.928	15	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	22990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	22355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	11372
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.224	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.791	1.5	13089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.403	2	20946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.31	3	7335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.715	4.5	6833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3485 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.29	5
2	B	loose positional	0.35	5
3	C	loose positional	0.29	5
4	D	loose positional	0.29	5
5	E	loose positional	0.41	5
6	F	loose positional	0.24	5
7	G	loose positional	0.39	5
8	H	loose positional	0.26	5
9	I	loose positional	0.3	5
10	J	loose positional	0.45	5
1	A	loose thermal	2.03	10
2	B	loose thermal	1.91	10
3	C	loose thermal	1.87	10
4	D	loose thermal	1.53	10
5	E	loose thermal	2.15	10
6	F	loose thermal	1.31	10
7	G	loose thermal	2.93	10
8	H	loose thermal	1.53	10
9	I	loose thermal	1.96	10
10	J	loose thermal	2.68	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	309	-
R_work	0.251	11790	-
obs	-	25768	75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8754	-0.7093	0.0024	0.6631	-0.2573	0.9778	-0.0466	0.1031	-0.1231	-0.1194	0.0064	0.2097	-0.0283	-0.0062	0.0403	-0.0419	-0.0196	-0.0189	-0.1329	0.0359	-0.0721	-4.158	6.059	-4.162
2	1.0709	-0.5816	0.1432	2.3337	0.2556	0.6913	0.0509	-0.0194	-0.2243	-0.0772	-0.0221	0.5443	0.0188	-0.3066	-0.0287	-0.1412	-0.0059	-0.033	-0.0968	0.0287	-0.0367	-15.783	-21.55	17.744
3	1.8209	-0.6858	0.0818	0.7088	-0.0677	0.7309	-0.1496	-0.5661	-0.0747	0.1315	0.1565	0.16	0.0666	-0.1783	-0.0069	-0.1374	0.0301	0.0217	0.0728	0.007	-0.1178	-12.237	-10.487	53.27
4	1.5313	0.1335	0.8555	0.49	0.5918	1.6327	-0.178	-0.1723	0.3621	-0.0063	0.059	0.0356	-0.4199	-0.1577	0.119	-0.0142	0.0641	-0.012	-0.0496	-0.1147	-0.0197	1.165	24.096	53.371
5	3.5457	-0.2101	-0.6778	0.3816	0.3549	0.4292	0.2573	0.4766	1.2404	-0.2727	-0.0152	0.0444	-0.6338	-0.0692	-0.2421	0.3899	-0.0342	0.0785	-0.0432	0.1525	0.3088	5.921	34.49	17.335
6	1.2671	-0.6936	0.7174	0.6084	-0.2581	1.5057	0.0858	0.4049	0.1161	-0.1807	-0.1172	-0.1933	0.0533	0.452	0.0315	-0.079	0.0053	0.0528	0.0554	0.0126	-0.1148	28.466	-10.021	-2.892
7	0.8603	0.0165	0.27	1.3308	0.1932	0.166	0.0007	0.1306	-0.1205	-0.1077	0.0418	-0.1215	0.09	0.1189	-0.0425	-0.1031	0.0167	0.0018	-0.1298	-0.006	-0.1325	17.506	-35.868	22.503
8	1.4094	-0.1792	-0.2443	0.4425	-0.2491	1.2464	-0.1363	-0.4007	-0.23	0.1207	0.1264	-0.1261	0.2061	0.1694	0.0098	-0.1037	0.08	-0.0139	0.0581	-0.0323	-0.0806	22.532	-20.961	56.024
9	1.295	-0.5078	0.0083	0.593	0.2723	0.6944	-0.0652	-0.1901	0.1184	0.0374	0.0391	-0.0672	-0.1416	0.2856	0.026	-0.1244	-0.0542	-0.005	0.0692	-0.1241	-0.0213	35.879	13.418	52.198
10	2.1477	-2.0189	-0.4381	2.2259	0.2416	1.0462	0.2095	-0.1121	1.0921	-0.17	0.0027	-1.1637	-0.5799	0.6458	-0.2123	0.1789	-0.3015	0.1464	0.1774	-0.0582	0.4827	39.512	20.286	14.992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 264	3 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 264	3 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 264	3 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 264	3 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 264	3 - 264
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	3 - 264	3 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	3 - 264	3 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	3 - 264	3 - 264
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	3 - 264	3 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	3 - 264	3 - 264

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.995 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / R_factor R_free: 0.196 / R_factor R_work: 0.158

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.017	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.56	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.008

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)