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- PDB-1m3g: SOLUTION STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF MAPK PHOSPHATASE PA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m3g
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF MAPK PHOSPHATASE PAC-1: INSIGHTS INTO SUBSTRATE-INDUCED ENZYMATIC ACTIVATION
要素DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 2
キーワードHYDROLASE / CATALYTIC DOMAIN / MAPK PHOSPHATASE / PAC-1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/threonine phosphatase activity / endoderm formation / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / mitogen-activated protein kinase binding / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / negative regulation of MAPK cascade ...protein tyrosine/threonine phosphatase activity / endoderm formation / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / mitogen-activated protein kinase binding / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / negative regulation of MAPK cascade / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Negative regulation of MAPK pathway / nuclear membrane / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity protein phosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Farooq, A. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the MAPK Phosphatase PAC-1 Catalytic Domain Insights into Substrate-Induced Enzymatic Activation of MKP
著者: Farooq, A. / Plotnikova, O. / Chaturvedi, G. / Yan, S. / Zeng, L. / Zhang, Q. / Zhou, M.-M.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2004年2月3日ID: 1IKZ
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1291
ポリマ－16,1291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 2 / MAPK Phosphatase PAC-1 / DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE PAC-1


分子量: 16129.417 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 170-314 / 変異: C257S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q05923, protein-tyrosine-phosphatase, protein-serine/threonine phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1213D 15N-SEPARATED NOESY
131HNHA
141
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: 0.5MM CATALYTIC DOMAIN MAPK PHOSPHATASE U-15N,13C; 5MM PHOSPHATE BUFFER PH 6.5
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XPLOR/ARIABRUNGER (X-PLOR), NILGES, O'DONOGHUE (ARIA)構造決定
XwinNMRcollection
NMRPipe解析
NMRViewデータ解析
XPLOR/ARIABRUNGER (X-PLOR)/ NILGES, O'DONOGHUE (ARIA)精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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