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- PDB-1m2v: Crystal Structure of the yeast Sec23/24 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m2v
タイトルCrystal Structure of the yeast Sec23/24 heterodimer
要素
  • protein transport protein SEC23
  • protein transport protein SEC24
キーワードPROTEIN TRANSPORT / zinc-finger / beta barrel / vWA domain / gelsolin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle cargo loading / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coat / signal sequence binding / fungal-type vacuole membrane ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle cargo loading / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coat / signal sequence binding / fungal-type vacuole membrane / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / GTPase activator activity / SNARE binding / intracellular protein transport / macroautophagy / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain ...Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC23 / Protein transport protein SEC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Bi, X. / Corpina, R.A. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of the Sec23/24-Sar1 pre-budding complex of the COPII vesicle coat
著者: Bi, X. / Corpina, R.A. / Goldberg, J.
履歴
登録2002年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein transport protein SEC23
B: protein transport protein SEC24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,3274
ポリマ－189,1962
非ポリマー1312
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.309, 126.371, 180.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 protein transport protein SEC23 / Sec23 / Sec23p / cytoplasmic GTPase-activating protein / Sec23 COPII-coat protein


分子量: 85463.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Sec23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15303
#2: タンパク質 protein transport protein SEC24 / Sec24 / Sec24p / SEC24 protein / Abnormal nuclear morphology 1 Sec24 COPII-coat protein


分子量: 103733.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Sar1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40482
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 M ammonium formate, 18 mM dithiothreitol, 10 % (w/v) xylitol, 0.1 M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 273K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
135 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)xylitol1drop
31.0 Mammonium formate1drop
418 mMdithiothreitol1drop
50.1 MHEPES1droppH7.5
61.9 Mammonium formate1reservoir
70.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→25 Å / Num. all: 54236 / Num. obs: 49463 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2.75→2.92 Å
反射
*PLUS
Num. measured all: 190671 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.1 % / Rmerge(I) obs: 0.252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Sec23 from PDB ENTRY 1M2O

1m2o


解像度: 2.75→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2388 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 49495 91.2 %-
all-54236 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.2334 Å2 / ksol: 0.374578 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.87 Å20 Å20 Å2
2--7.31 Å20 Å2
3----13.19 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.41 Å / Luzzati sigma a free: 0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11506 0 2 69 11577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 326 5.4 %
Rwork0.332 5694 -
obs--67.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.397 / Rfactor Rwork: 0.332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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