PDB-1m2c: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN MII, NMR, 14 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1m2c

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN MII, NMR, 14 STRUCTURES

要素

ALPHA-CONOTOXIN MII

キーワード

NEUROTOXIN (神経毒) / NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR / SUBTYPE SPECIFIC LIGAND / PRESYNAPTIC NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR BLOCKER / CHOLINERGIC MODULATION / DOPAMINE RELEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity /

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus magus (ヤキイモ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, ITERATIVE RELAXATION MATRIX APPROACH,

SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Shon, K.J. / Koerber, S.C. / Rivier, J.E. / Olivera, B.M. / Mcintosh, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A new alpha-conotoxin which targets alpha3beta2 nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Cartier, G.E. / Yoshikami, D. / Gray, W.R. / Luo, S. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M.

履歴

登録	1997年9月15日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1m2c.cif.gz	59.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1m2c.ent.gz	44.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1m2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bza-d 7bz7-d 2xji-9 2xji-7 6nm3-d 2xji-8 7ju9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-CONOTOXIN MII

1.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 50	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	ALPHA-CONOTOXIN MII 分子量: 1715.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus magus (ヤキイモ) / 参照: UniProt: P56636

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2-D HOMONUCLEAR 1H NMR EXPERIMENTS. THESE ARE A SET OF NOESY, TOCSY, DQF-COSY, AND PE-COSY.

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O / 10% D2O
試料状態	イオン強度: 5mM SODIUM PHOSPHATE BUFFER / pH: 3.3 / 圧: 1 atm / 温度: 275 K
結晶化	*PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Insight II	II	MSI	精密化
VARIAN VNMR	VNMR		構造決定
MSI FELIX	FELIX		構造決定
Insight II	II		構造決定
Discover			構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, ITERATIVE RELAXATION MATRIX APPROACH,

SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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