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万見
- PDB-1m0i: Crystal Structure of Bacteriophage T7 Endonuclease I with a Wild-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m0i
タイトルCrystal Structure of Bacteriophage T7 Endonuclease I with a Wild-Type Active Site
要素endodeoxyribonuclease I
キーワードHYDROLASE / Holliday junction resolvase / Homodimer / Domain Swapped / Composite active site
機能・相同性
機能・相同性情報


degradation of host chromosome by virus / deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / double-stranded DNA endonuclease activity / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA integration / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T7, Gp3, endodeoxynuclease I / Phage endonuclease I / Restriction Endonuclease - #30 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Hadden, J.M. / Declais, A.C. / Phillips, S.E. / Lilley, D.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Metal ions bound at the active site of the junction-resolving enzyme T7 endonuclease I
著者: Hadden, J.M. / Declais, A.C. / Phillips, S.E. / Lilley, D.M.
履歴
登録2002年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endodeoxyribonuclease I
B: endodeoxyribonuclease I
C: endodeoxyribonuclease I
D: endodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5667
ポリマ－64,2784
非ポリマー2883
水95553
1
A: endodeoxyribonuclease I
B: endodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3314
ポリマ－32,1392
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
2
C: endodeoxyribonuclease I
D: endodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2353
ポリマ－32,1392
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.440, 134.550, 61.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Endonuclease I is active as a homodimer. There are 2 homodimers in the asymmetric unit. Chains A and B form one homodimer.

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要素

#1: タンパク質
endodeoxyribonuclease I / endonuclease


分子量: 16069.490 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 12-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: Endonuclease I / プラスミド: pET 19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P00641, deoxyribonuclease IV
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.97 %
結晶化温度: 291 K
手法: 蒸気拡散法, hanging drop. seeds of e65k mutant used.
pH: 7.2
詳細: PEG 4000, Ammonium sulphate, Sodium chloride, Tris HCL, pH 7.2, Vapor diffusion, hanging drop. Seeds of E65K mutant used., temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月27日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→33.13 Å / Num. all: 34014 / Num. obs: 34014 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.68 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4893 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M0D

1m0d


解像度: 2.55→33.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1192014.82 / Data cutoff high rms absF: 1192014.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum Likelhood target used as implemented in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1686 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 33984 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1648 Å2 / ksol: 0.357219 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.67 Å20 Å20 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3----2.96 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.41 Å / Luzzati sigma a free: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4097 0 15 53 4165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 175 5.2 %
Rwork0.321 3175 -
obs-3175 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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