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万見
- PDB-1m0f: Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m0f
タイトルStructural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy
要素
  • Capsid Protein F
  • Major Spike Protein G
  • Scaffolding Protein B
  • Scaffolding protein D
キーワードVIRUS / Bacteriophage / Cryo Electron Microscopy / Procapsid / morphogenesis / microviridae / assembly / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral procapsid maturation / T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Scaffold protein D / Scaffold protein D superfamily / Bacteriophage scaffolding protein D / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein F / Major spike protein G / External scaffolding protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Bernal, R.A. / Hafenstein, S. / Olson, N.H. / Bowman, V.D. / Chipman, P.R. / Baker, T.S. / Fane, B.A. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2003
タイトル: Structural studies of bacteriophage alpha3 assembly.
著者: Ricardo A Bernal / Susan Hafenstein / Norman H Olson / Valorie D Bowman / Paul R Chipman / Timothy S Baker / Bentley A Fane / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage alpha3 is a member of the Microviridae, a family of small, single-stranded, icosahedral phages that include phiX174. These viruses have an ssDNA genome associated with approximately 12 ...Bacteriophage alpha3 is a member of the Microviridae, a family of small, single-stranded, icosahedral phages that include phiX174. These viruses have an ssDNA genome associated with approximately 12 copies of an H pilot protein and 60 copies of a small J DNA-binding protein. The surrounding capsid consists of 60 F coat proteins decorated with 12 pentameric spikes of G protein. Assembly proceeds via a 108S empty procapsid that requires the external D and internal B scaffolding proteins for its formation. The alpha3 "open" procapsid structural intermediate was determined to 15A resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM). Unlike the phiX174 "closed" procapsid and the infectious virion, the alpha3 open procapsid has 30A wide pores at the 3-fold vertices and 20A wide gaps between F pentamers as a result of the disordering of two helices in the F capsid protein. The large pores are probably used for DNA entry and internal scaffolding protein exit during DNA packaging. Portions of the B scaffolding protein are located at the 5-fold axes under the spike and in the hydrophobic pocket on the inner surface of the capsid. Protein B appears to have autoproteolytic activity that cleaves at an Arg-Phe motif and probably facilitates the removal of the protein through the 30A wide pores. The structure of the alpha3 mature virion was solved to 3.5A resolution by X-ray crystallography and was used to interpret the open procapsid cryo-EM structure. The main differences between the alpha3 and phiX174 virion structures are in the spike and the DNA-binding proteins. The alpha3 pentameric spikes have a rotation of 3.5 degrees compared to those of phiX174. The alpha3 DNA-binding protein, which is shorter by 13 amino acid residues at its amino end when compared to the phiX174 J protein, retains its carboxy-terminal-binding site on the internal surface of the capsid protein. The icosahedrally ordered structural component of the ssDNA appears to be substantially increased in alpha3 compared to phiX174, allowing the building of about 10% of the ribose-phosphate backbone.
履歴
登録2002年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.52024年4月17日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 999SEQUENCE Residue 160 of the F protein is an ARG according to the reported sequence but no density ...SEQUENCE Residue 160 of the F protein is an ARG according to the reported sequence but no density is seen for the side chain in the crystal structure for this residue. After a structural sequence alignment with homologous bacteriophages phix174 and G4, residue 160 was found to be a glycine in the other phages. Consequently, the authors state residue 160 should be a Glycine. CHAINS 1,2,3,4 ARE SCAFFOLDING PROTEIN D AND CHAIN B IS SCAFFOLDING PROTEIN B, ALL FROM BACTERIOPHAGE ALPHA3. THE PROTEIN SEQUENCES WERE TAKEN FROM 1CD3 PHIX174 COORDINATES AND FITTED INTO THE CRYO-EM STRUCTURE. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE PHIX174 SCAFFOLDING PROTEINS D AND B ARE P03637 AND P07929 RESPECTIVELY.

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Scaffolding protein D
2: Scaffolding protein D
3: Scaffolding protein D
4: Scaffolding protein D
F: Capsid Protein F
G: Major Spike Protein G
B: Scaffolding Protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8577
ポリマ－144,8577
非ポリマー00
水00
1
1: Scaffolding protein D
2: Scaffolding protein D
3: Scaffolding protein D
4: Scaffolding protein D
F: Capsid Protein F
G: Major Spike Protein G
B: Scaffolding Protein B
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,691,394420
ポリマ－8,691,394420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Scaffolding protein D
2: Scaffolding protein D
3: Scaffolding protein D
4: Scaffolding protein D
F: Capsid Protein F
G: Major Spike Protein G
B: Scaffolding Protein B
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 724 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,28335
ポリマ－724,28335
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Scaffolding protein D
2: Scaffolding protein D
3: Scaffolding protein D
4: Scaffolding protein D
F: Capsid Protein F
G: Major Spike Protein G
B: Scaffolding Protein B
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 869 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)869,13942
ポリマ－869,13942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Scaffolding protein D / GPD / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16953.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
属: Microvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69486*PLUS
#2: タンパク質 Capsid Protein F / F protein / GPF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 49294.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
属: Microvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08767
#3: タンパク質 Major Spike Protein G / G protein / GPG / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19598.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
属: Microvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31281
#4: タンパク質 Scaffolding Protein B / GPB / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8150.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage alpha3 (ファージ)
属: Microvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Procapsid of the bacteriophage alpha3 / タイプ: VIRUS
ウイルスについての詳細詳細: Assembly intermediate called the Procapsid / ホストのカテゴリ: BACTERIA(EUBACTERIA) / 単離: SPECIES
天然宿主生物種: Escherichia coli / 株: slyD
緩衝液名称: 10 mM Tris and 1 mM EDTA / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris and 1 mM EDTA
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: cryo-electron microscopy

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST / 日付: 1998年10月16日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 38000 X / 倍率（補正後）: 40000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 88 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 0.017 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1EMfitモデルフィッティング
2RobEM粒子像選択Purdue Program
3EM3DR３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction was done for each particle.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Model based polar fourier transform (Projection matching).
解像度: 16 Å / 粒子像の数: 2378 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.84 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.75 Å
倍率補正: Magnification correction was determined using the F pentamer as found in the mature virion of alpha3 and phix174 and in the closed procapsid as a control. Symmetry related contacts in ...倍率補正: Magnification correction was determined using the F pentamer as found in the mature virion of alpha3 and phix174 and in the closed procapsid as a control. Symmetry related contacts in the control were found to be 6.3% of all atoms. The pixel size of the reconstruction was adjusted so as to obtain the same number of contacts.
詳細: 2378 particles were included in the final reconstruction. The effective resolution is 15.0-16.0A. Higher resolution was not possible because of the tendency of particles to orient themselves ...詳細: 2378 particles were included in the final reconstruction. The effective resolution is 15.0-16.0A. Higher resolution was not possible because of the tendency of particles to orient themselves non-randomly. Only CA coordinates are presented in the entry.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: Best fit criterion used by the program EMfit is based on the average value of the density at all atomic sites in the fitted protein, the lack of atoms in negative density, and the ...Target criteria: Best fit criterion used by the program EMfit is based on the average value of the density at all atomic sites in the fitted protein, the lack of atoms in negative density, and the absence of symmetry related atomic clashes.
詳細: METHOD--General search followed by a climb procedure REFINEMENT PROTOCOL--rigid molecule fit using the program EMfit
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11M06

1m06

11M061PDBexperimental model
21CD3

1cd3

11CD32PDBexperimental model
精密化最高解像度: 16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 0 0 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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