PDB-1ly0: Structure of thaumatin crystallized in the presence of glycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ly0

タイトル

Structure of thaumatin crystallized in the presence of glycerol

要素

Thaumatin I

ソーマチン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) / TASTE-MODIFYING PROTEIN /

SWEET PROTEIN (甘味)

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Charron, C. / Kadri, A. / Robert, M.C. / Giege, R. / Lorber, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization in the presence of glycerol displaces water molecules in the structure of thaumatin.
著者: Charron, C. / Kadri, A. / Robert, M.C. / Giege, R. / Lorber, B.

履歴

登録	2002年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ly0.cif.gz	53.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ly0.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ly0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1ly0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/1ly0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lxzC 1thwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lmh-d 1lr2-d 5k7q-d 6c6w-d 4dj0-d 5lh7-d 6fj8-d 5lh1-d 4ekt-d 3n03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.867, 57.867, 149.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Thaumatin I / ソーマチン分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9474 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→30 Å / Num. all: 55721 / Num. obs: 55482 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.049
反射シェル	解像度: 1.36→1.41 Å / R_sym value: 0.151 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
CNS	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1THW

1thw

解像度: 1.36→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.204	5631	RANDOM
R_work	0.195	-	-
all	0.196	55482	-
obs	0.196	55482	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	10	325	1885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.308
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005

LS精密化シェル

解像度: 1.36→1.41 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	530	-
R_work	0.219	-	-
obs	-	5268	99.9 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)