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- PDB-1lxj: X-RAY STRUCTURE OF YBL001c NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS (NESG) C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lxj
タイトルX-RAY STRUCTURE OF YBL001c NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS (NESG) CONSORTIUM TARGET YTYst72
要素HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical protein / HTB2-NTH2 intergenic region / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiamine-binding protein / Thiamine-binding protein / Alpha-Beta Plaits - #930 / MTH1187/YkoF-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0045 protein ECM15
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tao, X. / Khayat, R. / Christendat, D. / Savchenko, A. / Xu, X. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: CRYSTAL STRUCTURES OF MTH1187 AND ITS YEAST ORTHOLOG YBL001C
著者: Tao, X. / Khayat, R. / Christendat, D. / Savchenko, A. / Xu, X. / Goldsmith-Fischman, S. / Honig, B. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Tong, L.
履歴
登録2002年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7732
ポリマ－11,6771
非ポリマー961
水4,017223
1
A: HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0928
ポリマ－46,7084
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_665-y+3/2,-x+3/2,-z+1/21
Buried area12970 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.380, 67.380, 133.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 11.5KDA PROTEIN IN HTB2-NTH2 INTERGENIC REGION / YBL001C


分子量: 11676.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35195
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium Sulfate, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mMHEPES1drop
2500 mM1dropNaCl
320 mg/mlprotein1drop
40.1 MTris1reservoirpH8.5
52 Mammonium sulfate1reservoir
612 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 12726 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 141589 / Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 4329413.23 / Data cutoff high rms absF: 4329413.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 900 7.2 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all-14671 --
obs-12581 85.7 %-
溶媒の処理Bsol: 52.0701 Å2 / ksol: 0.351892 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----1.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数807 0 5 223 1035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.292.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 119 6.9 %
Rwork0.278 1606 -
obs-1725 72.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMTOP.SO4
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.SO4
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 13776
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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