PDB-1lx8: Regulation of directionality in bacteriophage lambda site-specifi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lx8

タイトル

Regulation of directionality in bacteriophage lambda site-specific recombination: structure of the Xis protein

要素

Excisionase

キーワード

VIRAL PROTEIN / DNA architectural protein / 'winged'-helix protein / phage excision / site-specific DNA recombination

機能・相同性

機能・相同性情報

provirus excision / DNA recombination / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

溶液NMR / hybrid distance geometry, simulated annealing calculations.

データ登録者

Sam, M.D. / Papagiannis, C. / Connolly, K.M. / Corselli, L. / Iwahara, J. / Lee, J. / Phillips, M. / Wojciak, J.M. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Regulation of directionality in bacteriophage lambda site-specific recombination: structure of the Xis protein
著者: Sam, M.D. / Papagiannis, C. / Connolly, K.M. / Corselli, L. / Iwahara, J. / Lee, J. / Phillips, M. / Wojciak, J.M. / Johnson, R.C. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2002年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lx8.cif.gz	377.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lx8.ent.gz	314.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/1lx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/1lx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s93-2 1awx-d 2zpm-d 2fve-d 2dl3-d 2n8n-d 2dmo-d 2rqu-d 2gyp-2 5zc1-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Excisionase

6.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Excisionase / Xis 分子量: 6793.799 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain / 変異: C28S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: xis / プラスミド: pBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ3386 (BL21-DE3) / 参照: UniProt: P03699

#1: タンパク質

Excisionase / Xis

分子量: 6793.799 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain / 変異: C28S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: xis / プラスミド: pBAD33 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ3386 (BL21-DE3) / 参照: UniProt: P03699

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	HNCA-J
1	3	1	4D 13C/15N-separated NOESY
1	4	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 1mM Xis, 15N/13C labeled / 溶媒系: 50mM NaOAc, pH5.0 100mM NaCl 7% D2O, 93% H2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	Brunger, 1993	解析
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	sgi6x	Delaglio, 1995	解析
NMRView	4.1.3	Johnson and Blevins, 1994	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: hybrid distance geometry, simulated annealing calculations.
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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