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- PDB-1lv4: Human catestatin 21-mer -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lv4
タイトルHuman catestatin 21-mer
要素catestatin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Glycoprotein / Amidation / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to secretory granule / positive regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of catecholamine secretion / positive regulation of dense core granule biogenesis / mast cell chemotaxis / mast cell activation / chromaffin granule / regulation of the force of heart contraction / Antimicrobial peptides / mast cell degranulation ...protein localization to secretory granule / positive regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of catecholamine secretion / positive regulation of dense core granule biogenesis / mast cell chemotaxis / mast cell activation / chromaffin granule / regulation of the force of heart contraction / Antimicrobial peptides / mast cell degranulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal dense core vesicle / defense response to fungus / negative regulation of insulin secretion / transport vesicle / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle contraction / secretory granule / regulation of blood pressure / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chromogranin A/B / Chromogranin A/B/C / Chromogranin, conserved site / Granin (chromogranin or secretogranin) / Granins signature 1. / Granins signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics simulated annealing
データ登録者O'Connor, D.T. / Preece, N.E.
引用ジャーナル: Regul.Pept. / 年: 2004
タイトル: Conformational preferences and activities of peptides from the catecholamine release-inhibitory (catestatin) region of chromogranin A.
著者: Preece, N.E. / Nguyen, M. / Mahata, M. / Mahata, S.K. / Mahapatra, N.R. / Tsigelny, I. / O'Connor, D.T.
履歴
登録2002年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: catestatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3311
ポリマ－2,3311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 25
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド catestatin / Chromogranin A


分子量: 2330.712 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 370-390 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid-phase SYNTHESIS. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS.
参照: UniProt: P10645

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY

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試料調製

詳細内容: linear catestatin / 溶媒系: 9:1 H2O:D2O
試料状態イオン強度: 6.4 mM / pH: 4.9 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3FVariancollection
Felix2000Accelrysデータ解析
DiscoverCAccelrys構造決定
NMRARCHITECHTMSI精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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