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- PDB-1lv2: Hepatocyte Nuclear Factor 4 is a Transcription Factor that Consti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lv2
タイトルHepatocyte Nuclear Factor 4 is a Transcription Factor that Constitutively Binds Fatty Acids
要素Hepatocyte nuclear factor 4-gamma
キーワードTRANSCRIPTION / diabetes / fatty acids / HNF4 / MODY / nuclear receptor / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in beta cells / intercellular bridge / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / mitotic spindle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity ...Regulation of gene expression in beta cells / intercellular bridge / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / mitotic spindle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Hepatocyte nuclear factor 4-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wisely, B. / Miller, A.B. / Davis, R.G. / Spitzer, T. / Shearer, B. / Moore, J.T. / Johnson, R. / Sefler, A. / Willson, T.M. / Williams, S.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Hepatocyte Nuclear Factor 4 Is a Transcription Factor that Constitutively Binds Fatty Acids.
著者: Wisely, G.B. / Miller, A.B. / Davis, R.G. / Jr Thornquest, A.D. / Johnson, R. / Spitzer, T. / Sefler, A. / Shearer, B. / Moore, J.T. / Willson, T.M. / Williams, S.P.
履歴
登録2002年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 4-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1112
ポリマ－25,8551
非ポリマー2561
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.708, 152.708, 93.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-12-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 4-gamma / HNF-4-gamma


分子量: 25854.926 Da / 分子数: 1 / 断片: HNF4g LBD (residues 103-328) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF4G / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q14541
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH8.0
30.1 mMEDTA1drop
4150 mM1dropNaCl
510 mMdithiothreitol1drop
65 %propane-diol1drop
70.75 Mammonium dihydrogen phosphate/diammonium hydrogen phosphate1reservoirpH5.0
810 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月5日 / 詳細: bent silicon crystal
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→22.4 Å / Num. all: 15429 / Num. obs: 15108 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 67.547 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1846 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 18866 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 1308098
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
CNS2000精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: Built by fitting pieces of secondary structure into density.

解像度: 2.7→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1086 7.2 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.247 15429 --
obs0.247 15108 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1994 Å2 / ksol: 0.339487 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.99 Å20 Å20 Å2
2---17.99 Å20 Å2
3---35.98 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.46 Å / Luzzati sigma a free: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 18 14 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.052.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 172 7.5 %
Rwork0.365 2120 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLM.PARPLM.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0085
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.675
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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