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- PDB-1ltq: CRYSTAL STRUCTURE OF T4 POLYNUCLEOTIDE KINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T4 POLYNUCLEOTIDE KINASE
要素POLYNUCLEOTIDE KINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOSPHATASE / ALPHA/BETA / P-LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleotide 3'-phosphatase / deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Polynucleotide kinase PNKP phosphatase domain / Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / Polynucleotide kinase PNKP phosphatase domain / Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Polynucleotide kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Galburt, E.A. / Pelletier, J. / Wilson, G. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of a tRNA repair enzyme and molecular biology workhorse: T4 polynucleotide kinase.
著者: Galburt, E.A. / Pelletier, J. / Wilson, G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2002年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYNUCLEOTIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7403
ポリマ－35,2351
非ポリマー5052
水2,594144
1
A: POLYNUCLEOTIDE KINASE
ヘテロ分子

A: POLYNUCLEOTIDE KINASE
ヘテロ分子

A: POLYNUCLEOTIDE KINASE
ヘテロ分子

A: POLYNUCLEOTIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,96012
ポリマ－140,9384
非ポリマー2,0218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area11900 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area52970 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.585, 93.684, 124.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 POLYNUCLEOTIDE KINASE / PNK / Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase


分子量: 35234.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06855, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, potassium chloride, MES, Tris, ATP, DTT, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris1droppH7.4
250 mM1dropKCl
31 mMdithiothreitol1drop
40.1 mMEDTA1drop
50.1 mMATP1drop
61 mg/mlprotein1drop
75-10 %PEG40001reservoir
80-5 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97873 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月10日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 38288 / Num. obs: 38288 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 191084 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.288

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2735 7 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.238 37037 --
obs0.238 37037 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2349 0 31 144 2524
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.238 / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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