手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN AT 295 K IN 1 DAY TO 1 WEEK BY EQUILIBRATING A HANGING DROP, THAT CONSISTED OF 3 UL OF PROTEIN SOLUTION AND 3 UL OF RESERVOIR SOLUTION OF 100 MM BICINE-NAOH, PH ...詳細: ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN AT 295 K IN 1 DAY TO 1 WEEK BY EQUILIBRATING A HANGING DROP, THAT CONSISTED OF 3 UL OF PROTEIN SOLUTION AND 3 UL OF RESERVOIR SOLUTION OF 100 MM BICINE-NAOH, PH 7.8-8.5 AND 0-6% PEG 20K., vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 7.8-8.5
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID
濃度
一般名
Crystal-ID
Sol-ID
1
7.0mg/ml
protein
1
drop
2
10mM
Tris-HCl
1
drop
3
1 %
isopropanol
1
drop
4
1mM
PMSF
1
drop
5
100mM
Bicine-NaOH
1
reservoir
6
0-6 %
PEG20000
1
reservoir
-
データ収集
回折
平均測定温度: 120 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器
検出器: CCD / 日付: 1995年4月8日
放射
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.7→29.6 Å / Num. obs: 41653 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル
解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 91.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 206582
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
ARP/wARP
モデル構築
PHASES
位相決定
X-PLOR
3.843
モデル構築
X-PLOR
3.843
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
X-PLOR
3.843
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.221
4214
10.2 %
RANDOM
Rwork
0.186
-
-
-
obs
0.186
41498
94.5 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 23.6 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0 Å2
0 Å2
3-
-
-
0 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.21 Å
0.18 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.18 Å
0.19 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2826
0
16
0
2842
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.009
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.4
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
22.1
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
1.22
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
1.37
1.5
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
2.18
2
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
2.43
2
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
3.81
2.5
LS精密化 シェル
解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6