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万見
- PDB-1ltg: THE ARG7LYS MUTANT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN EXHIBITS GREAT FLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltg
タイトルTHE ARG7LYS MUTANT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN EXHIBITS GREAT FLEXIBILITY OF ACTIVE SITE LOOP 47-56 OF THE A SUBUNIT
要素(HEAT-LABILE ENTEROTOXIN) x 3
キーワードENTEROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin A chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Van Den Akker, F. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: The Arg7Lys mutant of heat-labile enterotoxin exhibits great flexibility of active site loop 47-56 of the A subunit.
著者: van den Akker, F. / Merritt, E.A. / Pizza, M. / Domenighini, M. / Rappuoli, R. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1994
タイトル: Probing the Structure-Activity Relationship of Escherichia Coli Lt-A by Site-Directed Mutagenesis
著者: Pizza, M. / Domenighini, M. / Hol, W. / Giannelli, V. / Fontana, M.R. / Giuliani, M.M. / Magagnoli, C. / Peppoloni, S. / Manetti, R. / Rappuoli, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A.M. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Cholera Toxin-Related Heat-Labile Enterotoxin from E. Coli
著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / Wartna, E.S. / Van Zanten, B.A.M. / Witholt, B. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1995年6月13日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET IN THE PENTAMER THE BETA SHEETS FROM ADJACENT MONOMERS COMBINE TO FORM A CONTINUOUS SIX- ...SHEET IN THE PENTAMER THE BETA SHEETS FROM ADJACENT MONOMERS COMBINE TO FORM A CONTINUOUS SIX-STRANDED ANTI-PARALLEL SHEET ACROSS EACH MONOMER-MONOMER INTERFACE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8797
ポリマ－86,8797
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19690 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 98.500, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO D 93 / 2: CIS PROLINE - PRO E 93 / 3: CIS PROLINE - PRO F 93 / 4: CIS PROLINE - PRO G 93 / 5: CIS PROLINE - PRO H 93 / 6: CIS PROLINE - PRO A 178
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS, CONVENTIONALLY REFERRED TO AS A1 AND A2, WHICH ARE LABELED AS CHAINS A AND C IN THIS COORDINATE SET.

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要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / LT


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 変異: ARG A 7 LYS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ESCHERICHIA COLI / Variant: PLASMID EWD299 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32890
#2: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / LT


分子量: 21901.086 Da / 分子数: 1 / 変異: ARG A 7 LYS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ESCHERICHIA COLI / Variant: PLASMID EWD299 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06717
#3: タンパク質・ペプチド HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / LT


分子量: 5940.504 Da / 分子数: 1 / 変異: ARG A 7 LYS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE ESCHERICHIA COLI / Variant: PLASMID EWD299 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06717
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE ARG 7 IN THE A SUBUNIT OF THE WILD TYPE TOXIN HAS BEEN MUTATED TO LYS IN THIS STRUCTURE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.2 mg/mlprotein11
218 mMNAD12
30.8 mMguanyltyramine12
4210 mM12NaCl
56.7 %PEG12

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月31日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.073
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 22826 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 60917 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.48 Å / % possible obs: 54 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.178 -
obs0.178 22826
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 0 71 5967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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