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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lr6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of V45Y mutant of cytochrome b5 | ||||||
要素 | cytochrome b5 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME B5 / TRYPSIN-SOLUBILIZED FRAGMENT / MUTANT V45Y | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gan, J.-H. / Wu, J. / Wang, Z.-Q. / Wang, Y.-H. / Huang, Z.-X. / Xia, Z.-X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Structures of V45E and V45Y mutants and structure comparison of a variety of cytochrome b5 mutants. 著者: Gan, J.H. / Wu, J. / Wang, Z.Q. / Wang, Y.H. / Huang, Z.X. / Xia, Z.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lr6.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lr6.ent.gz | 21.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lr6_validation.pdf.gz | 800.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lr6_full_validation.pdf.gz | 800.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lr6_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lr6_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/1lr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/1lr6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9539.423 Da / 分子数: 1 / 断片: trypsin-solubilized fragment of cytochrome b5 / 変異: V45Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: liver / プラスミド: pU19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00171 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PHOSPHATE BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→22.82 Å / Num. obs: 7563 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 76.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.3 % / Rmerge(I) obs: 0.194 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1EHB 解像度: 1.9→22.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.6757 Å2 / ksol: 0.402579 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.27 Å / Luzzati sigma a free: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rfactor all: 0.196 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.289 |