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万見
- PDB-1lr1: Solution Structure of the Oligomerization Domain of the Bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lr1
タイトルSolution Structure of the Oligomerization Domain of the Bacterial Chromatin-Structuring Protein H-NS
要素dna-binding protein h-ns
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromatin / coiled-coil / dna packaging / nucleoid assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


H-NS-Cnu complex / H-NS complex / H-NS-Hha complex / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / bacterial nucleoid packaging / bent DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin ...H-NS-Cnu complex / H-NS complex / H-NS-Hha complex / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / bacterial nucleoid packaging / bent DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / transcription regulator complex / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS, N-terminal / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein H-NS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / dynamical simulated annealing
データ登録者Esposito, D. / Petrovic, A. / Harris, R. / Ono, S. / Eccleston, J. / Mbabaali, A. / Haq, I. / Higgins, C.F. / Hinton, J.C.D. / Driscoll, P.C. / Ladbury, J.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: H-NS Oligomerization Domain Structure Reveals the Mechanism for High Order Self-association of the Intact Protein
著者: Esposito, D. / Petrovic, A. / Harris, R. / Ono, S. / Eccleston, J. / Mbabaali, A. / Haq, I. / Higgins, C.F. / Hinton, J.C. / Driscoll, P.C. / Ladbury, J.E.
履歴
登録2002年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dna-binding protein h-ns
B: dna-binding protein h-ns


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0402
ポリマ－14,0402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 dna-binding protein h-ns / histone-like protein hlp-ii / protein h1 / protein b1


分子量: 7019.901 Da / 分子数: 2 / 断片: n-terminal domain (residues 1-57) / 変異: c20s / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hns / プラスミド: pet14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(lambda de3) / 参照: UniProt: P0ACF8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1333D 13CF1-filtered, F3-edited NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: Assignment was accomplished by using standard triple resonance techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
115N labelled300 mM NaCl,20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, at pH 7.0
215N,13C labelled300 mM NaCl,20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, at pH 7.0
314N,12C/15N,13C 1:1 mixed labelled chains300 mM NaCl,20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, at pH 7.0
試料状態イオン強度: 300 mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara2.6Boucher, W.解析
ANSIG3.3Kraulis, P.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: dynamical simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The calculations were carried out using the PARALLHDGv5.1 parameter, with the non-bonded energy function of PROLSQ, modified to allow floating stereochemistry of prochiral centers
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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