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- PDB-1lqs: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS IL-10 BOUND TO SOLUBLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lqs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS IL-10 BOUND TO SOLUBLE HUMAN IL-10R1
要素
  • INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN
  • INTERLEUKIN-10-LIKE PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin 10 / helix bundle / receptor complex / molecular recognition / structure mimic
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host dendritic cell mediated immune response / interleukin-10 binding / interleukin-10 receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / intestinal epithelial structure maintenance / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of autophagy ...symbiont-mediated suppression of host dendritic cell mediated immune response / interleukin-10 binding / interleukin-10 receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / intestinal epithelial structure maintenance / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of autophagy / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / signaling receptor activity / response to lipopolysaccharide / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / immune response / apical plasma membrane / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10; domain 2 / Interleukin-10, domain 2 / Interleukin-10, additional helical / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor ...Interleukin-10; domain 2 / Interleukin-10, domain 2 / Interleukin-10, additional helical / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral interleukin-10 homolog / Interleukin-10 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jones, B.C. / Logsdon, N.J. / Josephson, K. / Cook, J. / Barry, P.A. / Walter, M.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of human cytomegalovirus IL-10 bound to soluble human IL-10R1.
著者: Jones, B.C. / Logsdon, N.J. / Josephson, K. / Cook, J. / Barry, P.A. / Walter, M.R.
履歴
登録2002年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN
S: INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN
L: INTERLEUKIN-10-LIKE PROTEIN
M: INTERLEUKIN-10-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7396
ポリマ－85,2964
非ポリマー4422
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.290, 104.680, 91.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN / IL-10R-A / IL-10R1


分子量: 24506.551 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 22-235 / 変異: N29Q,N53Q,N89Q,N133Q,N156Q,N168Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pmtv5his
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q13651
#2: タンパク質 INTERLEUKIN-10-LIKE PROTEIN


分子量: 18141.646 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 20-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
属: Cytomegalovirus / プラスミド: pmtv5his
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P17150
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG-6000, 0.1M MgCl2, 100mM ADA, 0.75% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
3100 mMADA buffer1reservoirpH6.0
46 %PEG60001reservoir
50.1 M1reservoirMgCl2
60.75 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月30日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 26564 / Num. obs: 26049 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 0.74
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 26564 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.8 % / Num. measured all: 65855 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J7V

1j7v


解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.294 1322 random
Rwork0.244 --
all-26564 -
obs-26049 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5623 0 28 48 5699
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 101 -
Rwork0.375 --
obs-1908 0.67 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 24727 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.295 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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