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- PDB-1lqf: Structure of PTP1b in Complex with a Peptidic Bisphosphonate Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lqf
タイトルStructure of PTP1b in Complex with a Peptidic Bisphosphonate Inhibitor
要素protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / phosphonates / diabetes / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BGD / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Asante-Appiah, E. / Patel, S. / Dufresne, C. / Scapin, G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The structure of PTP-1B in complex with a peptide inhibitor reveals an alternative binding mode for bisphosphonates.
著者: Asante-Appiah, E. / Patel, S. / Dufresne, C. / Roy, P. / Wang, Q. / Patel, V. / Friesen, R.W. / Ramachandran, C. / Becker, J.W. / Leblanc, Y. / Kennedy, B.P. / Scapin, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The YRD motif is a major determinant of substrate and inhibitor specificity in T-cell protein-tyrosine phosphatase
著者: Asante-Appiah, E. / Ball, K. / Bateman, K. / Skorey, K. / Friesen, R. / Desponts, C. / Payette, P. / Bayly, C. / Zamboni, R. / Scapin, G. / Ramachandran, C. / Kennedy, B.P.
履歴
登録2002年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
B: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
C: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
D: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0248
ポリマ－137,8054
非ポリマー3,2184
水9,512528
1
A: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2562
ポリマ－34,4511
非ポリマー8051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2562
ポリマ－34,4511
非ポリマー8051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2562
ポリマ－34,4511
非ポリマー8051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2562
ポリマ－34,4511
非ポリマー8051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)186.866, 154.421, 64.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-3371-

HOH

21B-3426-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 / PTP1B / Protein Tyrosine Phosphatase 1B


分子量: 34451.367 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain (residues 1-283) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-BGD / N-BENZOYL-L-GLUTAMYL-[4-PHOSPHONO(DIFLUOROMETHYL)]-L-PHENYLALANINE-[4-PHOSPHONO(DIFLUORO-METHYL)]-L-PHENYLALANINEAMIDE / 4-BENZOYLAMINO-4-{1-{1-CARBAMOYL-2-[4-(DIFLUORO-PHOSPHONO-METHYL)-PHENYL]-ETHYLCARBAMOYL}-2-[4-(DIFLUORO-PHOSPHONO-METHYL)-PHENYL]-ETHYLCARBAMOYL}-BUTYRIC ACID / Bz-L-Glu-4-(ホスホノジフルオロメチル)-L-Phe-4-(ホスホノジフルオロメチル)-L-Phe-NH


分子量: 804.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H34F4N4O12P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: Peg 4000, propanol, citrate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 284K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.0
350 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
52 mMDMH1drop
614 %PEG40001reservoir
710 %propanol1reservoir
8100 mMcitrate1reservoirpH5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29 Å / Num. all: 63052 / Num. obs: 61097 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 9039 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 86.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 176274 / Rmerge(I) obs: 0.121
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 % / Num. unique obs: 9039 / Num. measured obs: 17193 / Rmerge(I) obs: 0.38

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PTY

1pty


解像度: 2.5→29 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: A 4% twinning was detected using both Truncate and CNS and the refinement was carried out using the CNS twinning procedures, with twinning operator h, -k, -l.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2769 -Random
Rwork0.228 ---
obs0.231 54787 91.4 %-
all-59942 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.15 Å20 Å2-1.747 Å2
2---6.688 Å20 Å2
3---1.537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9332 0 216 528 10076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.68 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 192 4 %
Rwork0.366 3920 -
obs--49 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 61052 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.231 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.438 / Rfactor Rwork: 0.366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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