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- PDB-1lpb: THE 2.46 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE PANCREATIC LIPASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lpb
タイトルTHE 2.46 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE PANCREATIC LIPASE COLIPASE COMPLEX INHIBITED BY A C11 ALKYL PHOSPHONATE
要素
  • COLIPASE
  • LIPASE
キーワードHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of triglyceride lipase activity / Digestion of dietary lipid / Retinoid metabolism and transport / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, all-trans-retinol forming activity / Digestion of dietary lipid / lipoprotein lipase activity / lipase binding / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / lipase activity ...positive regulation of triglyceride lipase activity / Digestion of dietary lipid / Retinoid metabolism and transport / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, all-trans-retinol forming activity / Digestion of dietary lipid / lipoprotein lipase activity / lipase binding / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / lipase activity / intestinal cholesterol absorption / high-density lipoprotein particle remodeling / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / response to food / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / lipid catabolic process / digestion / cholesterol homeostasis / response to bacterium / enzyme activator activity / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colipase / Colipase, N-terminal / Colipase, C-terminal / Colipase, conserved site / : / Colipase, N-terminal domain / Colipase, C-terminal domain / Colipase signature. / Colipase family profile. / Colipase ...Colipase / Colipase, N-terminal / Colipase, C-terminal / Colipase, conserved site / : / Colipase, N-terminal domain / Colipase, C-terminal domain / Colipase signature. / Colipase family profile. / Colipase / Pancreatic lipase / Lipase, subunit A / Lipase, subunit A / Lipase, LIPH-type / Lipase, N-terminal / Triacylglycerol lipase family / Lipase / Lipase / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Lipases, serine active site. / Ribbon / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOXYUNDECYLPHOSPHINIC ACID / Colipase / Pancreatic triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Egloff, M.-P. / Van Tilbeurgh, H. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: The 2.46 A resolution structure of the pancreatic lipase-colipase complex inhibited by a C11 alkyl phosphonate.
著者: Egloff, M.P. / Marguet, F. / Buono, G. / Verger, R. / Cambillau, C. / van Tilbeurgh, H.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Interfacial Activation of the Lipase-Procolipase Complex by Mixed Micelles Revealed by X-Ray Crystallography
著者: Van Tilbeurgh, H. / Egloff, M.-P. / Martinez, C. / Rugani, N. / Verger, R. / Cambillau, C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Structure of the Pancreatic Lipase-Procolipase Complex
著者: Van Tilbeurgh, H. / Sarda, L. / Verger, R. / Cambillau, C.
履歴
登録1994年8月19日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLIPASE
B: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6459
ポリマ－59,8932
非ポリマー1,7527
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.700, 133.700, 93.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO B 16 / 2: CIS PROLINE - PRO B 211 / 3: CIS PROLINE - PRO B 298

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 COLIPASE


分子量: 10319.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P02703
#2: タンパク質 LIPASE


分子量: 49573.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P16233, triacylglycerol lipase

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糖 , 1種, 5分子

#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 287分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MUP / METHOXYUNDECYLPHOSPHINIC ACID


分子量: 250.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27O3P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細USE OF PARTIAL OCCUPANCY FOR THE INHIBITOR (REFINED OCCUPANCY) AND FOR BETA-OCTYLGLUCOSIDE MOLECULES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mllipase1drop
22.5 mg/mlcolipase1drop
32 %PEG80001drop
40.1 MMES1drop
50.4 M1dropNaCl
6250 mMbeta-glucoside1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.46 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 29845 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 9.4 % / Num. measured all: 271893 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.46 Å / 最低解像度: 2.53 Å / % possible obs: 77.8 % / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.46→6 Å / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.183 / Rfactor obs: 0.183 / σ(F): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5060 0 199 855 6114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 27738 / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.285
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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