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- PDB-1lo9: X-ray crystal structure of 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lo9
タイトルX-ray crystal structure of 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase mutant D17N complexed with 4-hydroxybenzoyl CoA
要素4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / hot dog fold / catalytic mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYBENZOYL COENZYME A / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: X-ray crystallographic analyses of inhibitor and substrate complexes of wild-type and mutant 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase.
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2002年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0272
ポリマ－16,1391
非ポリマー8881
水27015
1
A: 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1088
ポリマ－64,5584
非ポリマー3,5514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.500, 55.800, 93.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a homotetramer. The single independent monomer in the asymmetric unit sits on 222 site symmetry. Matrices to generate the tetramer are as follows: (1) -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 52.5 0.0 0.0 (2) -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 52.5 0.0 0.0 (3) 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0.0 0.0 0.0

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase / E.C.3.1.2.23


分子量: 16139.466 Da / 分子数: 1 / 変異: D17N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. CBS3 (バクテリア)
株: CBS-3 / 遺伝子: 4HBT_PSESP / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P56653, 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
#2: 化合物 ChemComp-BCA / 4-HYDROXYBENZOYL COENZYME A / p-ヒドロキシベンゾイルCoA


分子量: 887.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O18P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000-O-methylether, potassium chloride, MES, 4-hydroxybenzoyl CoA, pH 6.0, batch at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: sparse matrix screening
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
114 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.0
3200 mM1dropKCl
45 mM4-hydroxyphenacyl-CoA1drop
510 %PEG80001reservoir
62 %1reservoirMe2SO
7100 mMsuccinate1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 275 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年10月16日 / 詳細: goebel mirrors
放射モノクロメーター: goebel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 3068 / Num. obs: 3068 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 349 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 77.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.6 % / Num. unique obs: 349 / Rmerge(I) obs: 0.285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5F精密化
FRAMBOデータ収集
SAINTデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BVQ

1bvq


解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 307 -RANDOM
Rwork0.147 ---
all0.148 3068 --
obs0.148 3068 85.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1122 0 57 15 1194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.53
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 2761 / Rfactor all: 0.148 / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg18.6
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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