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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lnz | ||||||
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タイトル | Structure of the Obg GTP-binding protein | ||||||
要素 | SPO0B-associated GTP-binding protein | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / GTPase / Obg / stringent factor / stress response / sporulation / large G-protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sporulation resulting in formation of a cellular spore / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome biogenesis / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Buglino, J. / Shen, V. / Hakimian, P. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Structural and biochemical analysis of the Obg GTP binding protein 著者: Buglino, J. / Shen, V. / Hakimian, P. / Lima, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lnz.cif.gz | 149.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lnz.ent.gz | 122.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lnz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lnz_validation.pdf.gz | 823 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lnz_full_validation.pdf.gz | 848.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lnz_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lnz_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lnz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38109.434 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1- 342 of P20964 / 変異: selenomethionine substituted / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Full-length protein, residues 1-428, was purified and prepartively proteolyzed with subtilisin to obtain the 1-342 fragment 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20964 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-G4P / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 7-12% isopropanol, 0.1M magnesium chloride, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月24日 / 詳細: undulator, mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 24613 / Num. obs: 24465 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27 Å2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 38652 / % possible obs: 82.5 % / Num. measured all: 70639 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 3009010.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. Structure factors obtained from SHARP, no experimental sigmas
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.681 Å2 / ksol: 0.254047 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.203 / Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor Rwork: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.309 |