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- PDB-1lnh: LIPOXYGENASE-3(SOYBEAN) NON-HEME FE(II) METALLOPROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lnh
タイトルLIPOXYGENASE-3(SOYBEAN) NON-HEME FE(II) METALLOPROTEIN
要素LIPOXYGENASE-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / METALLOPROTEIN / FE(II) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 ...Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Seed linoleate 9S-lipoxygenase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Skrzypczak-Jankun, E.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Structure of soybean lipoxygenase L3 and a comparison with its L1 isoenzyme.
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Amzel, L.M. / Kroa, B.A. / Funk Jr., M.O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 1996
タイトル: Lipoxygenase-A Molecular Complex with a Non-Heme Iron
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Funk Junior, M.O. / Boyington, J.C. / Amzel, L.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Position 713 is Critical for Catalysis But not Iron Binding in Soybean Lipoxygenase 3
著者: Kramer, J.A. / Johnson, K.R. / Dunham, W.R. / Sands, R.H. / Funk Junior, M.O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of a Soybean Seed Lipoxygenase
著者: Stallings, W.C. / Kroa, B.A. / Carroll, R.T. / Metzger, A.L. / Funk, M.O.
履歴
登録1996年3月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOXYGENASE-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9752
ポリマ－96,9191
非ポリマー561
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.800, 137.400, 61.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LIPOXYGENASE-3


分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 株: PROVAR CULTIVAR / 参照: UniProt: P09186
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE NUMBERING OF THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS HAS SYMBOLS AFTER SOYBEAN LIPOXYGENASE L1 AS IN ...THE NUMBERING OF THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS HAS SYMBOLS AFTER SOYBEAN LIPOXYGENASE L1 AS IN PDB ENTRY 2SBL (BOYINGTON ET AL., 1993, SCIENCE, 260, 1482-1486). THERE ARE SOME KINKS IN 3 HELICES: H2 - AT 283, H9 - AT 521-522, H18 - AT 706, 714-715.
非ポリマーの詳細THE IRON BINDING SITE CONSISTS OF HIS 518, HIS 523, HIS 709 AND ILE 857(C-TERMINAL) THAT ARE ...THE IRON BINDING SITE CONSISTS OF HIS 518, HIS 523, HIS 709 AND ILE 857(C-TERMINAL) THAT ARE COVALENTLY BOUND TO IRON FE 858, WHILE ASN 713 AND H2O 901 ARE IN A DISTANCE GREATER THAN THE SUM OF THE VAN DER WAALS RADII.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.3 / 詳細: pH 5.3
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlL31drop1
20.1 MTris-HCl1drop1pH7.0
320 %(w/v)PEG80001drop2
40.05 Msodium citrate phosphate1drop2pH4.6
50.2 %(w/v)1drop2NaN3
60.1 Msodium phosphate1drop3pH7.0
820 %PEG80001reservoir
7water1drop4

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→61.6 Å / Num. obs: 23403 / % possible obs: 80.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 43.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 74331
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FOR MOLECULAR REPLACEMENT: 1SBL FOR SOYBEAN LIPOXYGENASE-1. THE MODEL WAS TRUNCATED TO INCLUDE ONLY THE ATOMS (7854) COMMON WITH LIPOXYGENASE-3 SEQUENCE (ENTRY 1SBL WAS REPLACED ...開始モデル: FOR MOLECULAR REPLACEMENT: 1SBL FOR SOYBEAN LIPOXYGENASE-1. THE MODEL WAS TRUNCATED TO INCLUDE ONLY THE ATOMS (7854) COMMON WITH LIPOXYGENASE-3 SEQUENCE (ENTRY 1SBL WAS REPLACED LATER IN PDB BY 2SBL WITH BETTER REFINED MODEL).

1sbl

1sbl

2sbl


解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 --
Rwork0.174 --
obs0.174 22402 82.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 0 1 170 6867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.46
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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