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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lnh | ||||||
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タイトル | LIPOXYGENASE-3(SOYBEAN) NON-HEME FE(II) METALLOPROTEIN | ||||||
![]() | LIPOXYGENASE-3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METALLOPROTEIN / FE(II) COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Skrzypczak-Jankun, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of soybean lipoxygenase L3 and a comparison with its L1 isoenzyme. 著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Amzel, L.M. / Kroa, B.A. / Funk Jr., M.O. #1: ![]() タイトル: Lipoxygenase-A Molecular Complex with a Non-Heme Iron 著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Funk Junior, M.O. / Boyington, J.C. / Amzel, L.M. #2: ![]() タイトル: Position 713 is Critical for Catalysis But not Iron Binding in Soybean Lipoxygenase 3 著者: Kramer, J.A. / Johnson, K.R. / Dunham, W.R. / Sands, R.H. / Funk Junior, M.O. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of a Soybean Seed Lipoxygenase 著者: Stallings, W.C. / Kroa, B.A. / Carroll, R.T. / Metzger, A.L. / Funk, M.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE NUMBERING OF THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS HAS SYMBOLS AFTER SOYBEAN LIPOXYGENASE L1 AS IN ...THE NUMBERING OF THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS HAS SYMBOLS AFTER SOYBEAN LIPOXYGENA |
非ポリマーの詳細 | THE IRON BINDING SITE CONSISTS OF HIS 518, HIS 523, HIS 709 AND ILE 857(C-TERMINAL) THAT ARE ...THE IRON BINDING SITE CONSISTS OF HIS 518, HIS 523, HIS 709 AND ILE 857(C-TERMINAL) THAT ARE COVALENTLY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 / 詳細: pH 5.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→61.6 Å / Num. obs: 23403 / % possible obs: 80.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 43.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 74331 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: FOR MOLECULAR REPLACEMENT: 1SBL FOR SOYBEAN LIPOXYGENASE-1. THE MODEL WAS TRUNCATED TO INCLUDE ONLY THE ATOMS (7854) COMMON WITH LIPOXYGENASE-3 SEQUENCE (ENTRY 1SBL WAS REPLACED ...開始モデル: FOR MOLECULAR REPLACEMENT: 1SBL FOR SOYBEAN LIPOXYGENASE-1. THE MODEL WAS TRUNCATED TO INCLUDE ONLY THE ATOMS (7854) COMMON WITH LIPOXYGENASE-3 SEQUENCE (ENTRY 1SBL WAS REPLACED LATER IN PDB BY 2SBL WITH BETTER REFINED MODEL). 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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