ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SAINTデータスケーリング SAINTデータ削減 MLPHARE位相決定 CNX2000.1 精密化
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 1.9→9.99 Å / Rfactor Rfree error : 0.005 / Data cutoff high absF : 1085747.93 / Data cutoff high rms absF : 1085747.93 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.212 2067 9.9 % RANDOM Rwork 0.18 - - - obs - 20886 95.5 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 75.0392 Å2 / ksol : 0.459536 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 18.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 5.89 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -5.04 Å2 0 Å2 3- - - -0.85 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error free : 0.22 Å / Luzzati sigma a free : 0.1 Å精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→9.99 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1452 0 1 427 1880
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.004 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.9 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.71 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it0.53 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it0.92 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it0.72 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it1.16 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error : 0.013 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.231 310 10.1 % Rwork 0.192 2764 - obs - - 85.4 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 X-RAY DIFFRACTION 3 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 GLYCEROL.PRMGLYCEROL.TOP
精密化 *PLUS
最低解像度 : 10 Å / % reflection Rfree : 9.4 % / Rfactor obs : 0.18 / Rfactor Rwork : 0.18 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.9 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor obs : 0.192