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- PDB-1llq: Crystal Structure of Malic Enzyme from Ascaris suum Complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1llq
タイトルCrystal Structure of Malic Enzyme from Ascaris suum Complexed with Nicotinamide Adenine Dinucleotide
要素NAD-dependent malic enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding / mitochondrial matrix / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain - #30 / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / arginine biosynthesis bifunctional protein fold - #10 / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding ...Hemocyanin, N-terminal domain - #30 / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / arginine biosynthesis bifunctional protein fold - #10 / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Other non-globular / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coleman, D.E. / Jagannatha, G.S. / Goldsmith, E.J. / Cook, P.F. / Harris, B.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the malic enzyme from Ascaris suum complexed with nicotinamide adenine dinucleotide at 2.3 A resolution.
著者: Coleman, D.E. / Rao, G.S. / Goldsmith, E.J. / Cook, P.F. / Harris, B.G.
履歴
登録2002年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The numbering system used for the coordinates corresponds to the numbering system used in ...SEQUENCE The numbering system used for the coordinates corresponds to the numbering system used in published mutational studies, where residue 1 (LYS) is the first residue present in the fully processed protein chain. A 12 residue mitochondrial transport sequence is present in the unprocessed protein, but is absent from processed protein and the protein present in the crystals.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme
B: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4404
ポリマ－137,1132
非ポリマー1,3272
水1,33374
1
A: NAD-dependent malic enzyme
B: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子

A: NAD-dependent malic enzyme
B: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,8798
ポリマ－274,2264
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area26040 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area89140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.62, 130.62, 149.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The Biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by appling the following rotation and translation operators to the A and B subunits: -0.500000 0.866025 0.0 0.000 0.866025 0.500000 0.0 0.000 0.000000 0.000000 -1.0 149.230

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent malic enzyme / NAD-ME


分子量: 68556.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ascaris suum (かいちゅう)
参照: UniProt: P27443, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, tartronate, magnesium sulfate, TRIS, NAD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Clancy, L.L., (1992) J. Mol. Biol., 226, 565.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 65007 / Num. obs: 65007 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 5384 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. obs: 62146 / % possible obs: 94.6 % / Num. measured all: 308683 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.224

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QR6

1qr6


解像度: 2.3→24.51 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction used throughout refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3171 -random
Rwork0.247 ---
all-65007 --
obs-62146 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9494 0 88 74 9656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.249
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 247 -
Rwork0.31 --
obs-4863 87 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.247 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.31 / Rfactor obs: 0.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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