+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ll4 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF C. IMMITIS CHITINASE 1 COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN | |||||||||
![]() | CHITINASE 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / BETA-ALPHA BARREL / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bortone, K. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: THE STRUCTURE OF AN ALLOSAMIDIN COMPLEX WITH THE Coccidioides IMMITIS CHITINASE DEFINES A ROLE FOR A SECOND ACID RESIDUE IN SUBSTRATE-ASSISTED MECHANISM 著者: BORTONE, K. / MONZINGO, A.F. / ERNST, S. / ROBERTUS, J.D. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 312.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 252.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43714.812 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 36-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose #3: 化合物 | ChemComp-AMI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, ISOPROPANOL, SODIUM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Hollis, T., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1412. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月19日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 34859 / Num. obs: 34859 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3428 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.131 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.369 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1D2K 解像度: 2.8→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→5 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.197 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |