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- PDB-1ll4: STRUCTURE OF C. IMMITIS CHITINASE 1 COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ll4
タイトルSTRUCTURE OF C. IMMITIS CHITINASE 1 COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN
要素CHITINASE 1
キーワードHYDROLASE / BETA-ALPHA BARREL / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALLOSAMIZOLINE / : / Endochitinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bortone, K. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: THE STRUCTURE OF AN ALLOSAMIDIN COMPLEX WITH THE Coccidioides IMMITIS CHITINASE DEFINES A ROLE FOR A SECOND ACID RESIDUE IN SUBSTRATE-ASSISTED MECHANISM
著者: BORTONE, K. / MONZINGO, A.F. / ERNST, S. / ROBERTUS, J.D.
履歴
登録2002年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE 1
B: CHITINASE 1
C: CHITINASE 1
D: CHITINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,42212
ポリマ－174,8594
非ポリマー2,5638
水1,802100
1
A: CHITINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3553
ポリマ－43,7151
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHITINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3553
ポリマ－43,7151
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CHITINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3553
ポリマ－43,7151
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CHITINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3553
ポリマ－43,7151
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.045, 78.190, 88.457
Angle α, β, γ (deg.)80.61, 82.27, 66.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CHITINASE 1


分子量: 43714.812 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 36-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 遺伝子: CTS1 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: JC4565, UniProt: P0CB51*PLUS, chitinase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DAllpNAcb1-4DAllpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2222h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-AllpNAc]{[(4+1)][b-D-AllpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-AMI / ALLOSAMIZOLINE


分子量: 216.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, ISOPROPANOL, SODIUM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hollis, T., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1412.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
24 mg/mlchitinase1drop
30.1 Msodium HEPES1reservoir
430 %PEG40001reservoir
510 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 34859 / Num. obs: 34859 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3428 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.131
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.369

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1D2K

1d2k


解像度: 2.8→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 1188 RANDOM
Rwork0.197 --
all-28561 -
obs-24264 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12332 0 172 100 12604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.996
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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