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万見
- PDB-1ll3: Crystal Structure of Rabbit Muscle Glycogenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ll3
タイトルCrystal Structure of Rabbit Muscle Glycogenin
要素GLYCOGENIN-1
キーワードTRANSFERASE / autocatalytic initiator of glycogen biosynthesis / glycogenin / retaining glycosyltransferase - family 8 / beta-alpha-beta Rossman-like nucleotide binding fold / DxD motif / non-proline cis peptide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gibbons, B.J. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the autocatalytic initiator of glycogen biosynthesis, glycogenin.
著者: Gibbons, B.J. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.
履歴
登録2002年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGENIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6173
ポリマ－37,4331
非ポリマー1842
水4,414245
1
A: GLYCOGENIN-1
ヘテロ分子

A: GLYCOGENIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2346
ポリマ－74,8662
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.129, 104.830, 120.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

21A-455-

HOH

詳細The asymetric unit contains one monomer. To construct the dimer apply the following symmetry operations: matrix:(-1.00000 -0.00001 0.00002)(0.00001 -1.00000 0.00002)(0.00002 0.00002 1.00000) translation:(-0.00052 -106.87773 0.00065)

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要素

#1: タンパク質 GLYCOGENIN-1


分子量: 37432.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P13280, glycogenin glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 8-10 mg/mL glycogenin, 0.7 to 1.2 M ammonium sulphate, and 100 mM sodium phosphate buffer pH 6.6 to 6.9, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / PH range low: 6.9 / PH range high: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18-10 mg/mlglycogenin1reservoir
20.7-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMsodium phosphate1reservoirpH6.6-6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.079
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 29958 / Num. obs: 29664 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 29807 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 29807 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 162821 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.559

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1487 -RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.211 29958 --
obs0.211 29664 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.635 Å2--
2--8.668 Å2-
3---9.967 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 0 12 245 2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.42
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.42
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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