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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ll3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rabbit Muscle Glycogenin | ||||||
![]() | GLYCOGENIN-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / autocatalytic initiator of glycogen biosynthesis / glycogenin / retaining glycosyltransferase - family 8 / beta-alpha-beta Rossman-like nucleotide binding fold / DxD motif / non-proline cis peptide bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gibbons, B.J. / Roach, P.J. / Hurley, T.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the autocatalytic initiator of glycogen biosynthesis, glycogenin. 著者: Gibbons, B.J. / Roach, P.J. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The asymetric unit contains one monomer. To construct the dimer apply the following symmetry operations: matrix:(-1.00000 -0.00001 0.00002)(0.00001 -1.00000 0.00002)(0.00002 0.00002 1.00000) translation:(-0.00052 -106.87773 0.00065) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37432.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 8-10 mg/mL glycogenin, 0.7 to 1.2 M ammonium sulphate, and 100 mM sodium phosphate buffer pH 6.6 to 6.9, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / PH range low: 6.9 / PH range high: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.079 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 29958 / Num. obs: 29664 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 29807 / % possible all: 92.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 29807 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 162821 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.559 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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