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- PDB-1lk3: ENGINEERED HUMAN INTERLEUKIN-10 MONOMER COMPLEXED TO 9D7 FAB FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lk3
タイトルENGINEERED HUMAN INTERLEUKIN-10 MONOMER COMPLEXED TO 9D7 FAB FRAGMENT
要素
  • 9D7 Heavy Chain
  • 9D7 Light Chain
  • Interleukin-10
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Regulation of Complement cascade / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / Role of phospholipids in phagocytosis / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation ...Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Regulation of Complement cascade / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / Role of phospholipids in phagocytosis / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Initial triggering of complement / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / response to carbon monoxide / positive regulation of plasma cell differentiation / positive regulation of B cell apoptotic process / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to inactivity / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of isotype switching / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of interleukin-1 production / positive regulation of B cell activation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / phagocytosis, recognition / negative regulation of interleukin-12 production / type 2 immune response / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / leukocyte chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of signaling receptor activity / CD163 mediating an anti-inflammatory response / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / phagocytosis, engulfment / regulation of synapse organization / positive regulation of sprouting angiogenesis / B cell proliferation / negative regulation of B cell proliferation / defense response to protozoan / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / hemopoiesis / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of cell cycle / negative regulation of T cell proliferation / response to glucocorticoid / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of autophagy / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / response to activity / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / complement activation, classical pathway / cellular response to estradiol stimulus / liver regeneration / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / response to insulin / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein dimerization activity / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain C region, B allele / Ig gamma-1 chain C region / Interleukin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Josephson, K. / Jones, B.C. / Walter, L.J. / DiGiacomo, R. / Indelicato, S.R. / Walter, M.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Noncompetitive antibody neutralization of IL-10 revealed by protein engineering and x-ray crystallography.
著者: Josephson, K. / Jones, B.C. / Walter, L.J. / DiGiacomo, R. / Indelicato, S.R. / Walter, M.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Design and Analysis of an Engineered Human Interleukin-10 Monomer
著者: Josephson, K. / DiGiacomo, R. / Indelicato, S.R. / Iyo, A.H. / Nagabhushan, T.L. / Parker, M.H. / Walter, M.R. / Ayo, A.H.
履歴
登録2002年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE USING BLAST NO APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE MATCH WAS FOUND FOR 9D7 LIGHT CHAIN, CHAINS ...SEQUENCE USING BLAST NO APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE MATCH WAS FOUND FOR 9D7 LIGHT CHAIN, CHAINS L,M AND 9D7 HEAVY CHAIN, CHAINS H,I.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-10
L: 9D7 Light Chain
H: 9D7 Heavy Chain
B: Interleukin-10
M: 9D7 Light Chain
I: 9D7 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6886
ポリマ－129,6886
非ポリマー00
水21,6721203
1
A: Interleukin-10
L: 9D7 Light Chain
H: 9D7 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8443
ポリマ－64,8443
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-10
M: 9D7 Light Chain
I: 9D7 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8443
ポリマ－64,8443
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.554, 75.616, 111.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-10 / IL-10M1 (Engineered monomer of human Interleukin-10) / IL-10 / Cytokine synthesis inhibitory factor / CSIF


分子量: 18520.324 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 26-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL10 / プラスミド: pET32lic / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22301
#2: 抗体 9D7 Light Chain


分子量: 22794.438 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, Residues 1-210 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P01835*PLUS
#3: 抗体 9D7 Heavy Chain


分子量: 23529.443 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, Residues 1-219 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20759*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: peg 4000, sodium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
28 %PEG40001drop
30.1 Msodium acetate1droppH4.6
412-14 %PEG40001reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月20日
放射モノクロメーター: Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 96708 / Num. obs: 96708 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.11 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 72.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 357669 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2401 1397 RANDOM
Rwork0.1872 --
all0.1872 96708 -
obs0.1872 96708 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8770 0 0 1203 9973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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